More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01070 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  100 
 
 
319 aa  612  9.999999999999999e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  57.33 
 
 
312 aa  341  1e-92  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  58.82 
 
 
315 aa  318  6e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50 
 
 
311 aa  265  7e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  44.67 
 
 
307 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  51.11 
 
 
289 aa  255  6e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  49.65 
 
 
295 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.55 
 
 
315 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  47.28 
 
 
306 aa  246  4e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.67 
 
 
316 aa  242  5e-63  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  48.16 
 
 
308 aa  242  7e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  47.58 
 
 
292 aa  242  7.999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  48.51 
 
 
296 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  48.51 
 
 
296 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  48.51 
 
 
296 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  48.51 
 
 
294 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  48.51 
 
 
296 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  48.51 
 
 
296 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  48.51 
 
 
294 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  48.51 
 
 
296 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  44.78 
 
 
292 aa  236  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  48.13 
 
 
296 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  48.13 
 
 
296 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  48.13 
 
 
296 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  48.13 
 
 
296 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  45.9 
 
 
294 aa  235  6e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.56 
 
 
311 aa  235  7e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  47.76 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  48.13 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  46.47 
 
 
292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  47.76 
 
 
296 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  46.84 
 
 
296 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  47.01 
 
 
295 aa  231  9e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  47.01 
 
 
295 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  42.72 
 
 
307 aa  231  1e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  44.61 
 
 
296 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  43.87 
 
 
292 aa  222  7e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  42.75 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  41.39 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.83 
 
 
321 aa  220  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  40.73 
 
 
308 aa  218  7e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  39.93 
 
 
301 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  40.73 
 
 
308 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  40.73 
 
 
308 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  37.58 
 
 
322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  40.4 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  36.99 
 
 
324 aa  210  3e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  41.06 
 
 
308 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  41.06 
 
 
308 aa  205  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  41.06 
 
 
308 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  41.06 
 
 
308 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  40.73 
 
 
308 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.21 
 
 
310 aa  186  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  35.48 
 
 
316 aa  182  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.82 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  36.15 
 
 
308 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 
317 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  36.88 
 
 
300 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.3 
 
 
371 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.49 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.19 
 
 
328 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  33.59 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.75 
 
 
312 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.59 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  35.96 
 
 
338 aa  143  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1684  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.34 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.42 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  31 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  32.98 
 
 
309 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  32.98 
 
 
309 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2781  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 
349 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4769  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.54 
 
 
296 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674163  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1681  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.57 
 
 
306 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 
349 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.0535027 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2808  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 
349 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.122332  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.68 
 
 
309 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.8 
 
 
319 aa  139  6e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.68 
 
 
309 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2780  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
351 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.585093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
351 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0298901 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2807  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
351 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104692  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.7 
 
 
306 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
318 aa  135  7.000000000000001e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  33.98 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  33.98 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  33.98 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.47 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.32 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  33.59 
 
 
311 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.89 
 
 
313 aa  133  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  33.59 
 
 
313 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3183  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.29 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236625  normal  0.225652 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.88 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.25 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.19 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0858  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  32.39 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.617839  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  28.32 
 
 
308 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.45 
 
 
281 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2915  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.39 
 
 
315 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.398438  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  33.09 
 
 
339 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>