More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3938 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  100 
 
 
311 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  100 
 
 
311 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  100 
 
 
311 aa  624  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  99.68 
 
 
311 aa  622  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  99.36 
 
 
313 aa  620  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.76 
 
 
330 aa  355  5e-97  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.19 
 
 
320 aa  194  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  37.1 
 
 
312 aa  177  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  36.07 
 
 
334 aa  163  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  35.37 
 
 
292 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  35.91 
 
 
294 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  36.2 
 
 
307 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  35.23 
 
 
292 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  36.62 
 
 
292 aa  149  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  34.45 
 
 
295 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  34.45 
 
 
295 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  35.36 
 
 
315 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  34.6 
 
 
335 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  34.11 
 
 
296 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  36.33 
 
 
312 aa  145  1e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  34.98 
 
 
296 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.22 
 
 
301 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.57 
 
 
311 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.08 
 
 
315 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  33.78 
 
 
296 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.06 
 
 
321 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  33.9 
 
 
299 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  34.58 
 
 
296 aa  142  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  33.81 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  34.96 
 
 
289 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  32.78 
 
 
296 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  32.78 
 
 
296 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  32.78 
 
 
296 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  32.78 
 
 
296 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  32.78 
 
 
294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  32.78 
 
 
294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  33.45 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  33.45 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  33.45 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  33.45 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  33.45 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  32.44 
 
 
296 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  33.78 
 
 
292 aa  139  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 
348 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  34.57 
 
 
306 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.21 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  36.68 
 
 
364 aa  136  5e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  33.21 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.68 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  34.81 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  36.07 
 
 
327 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 
343 aa  132  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.86 
 
 
328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  34.07 
 
 
326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  34.44 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  34.19 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  34.44 
 
 
319 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  32.45 
 
 
308 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  33.98 
 
 
319 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.83 
 
 
321 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.45 
 
 
319 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  35.69 
 
 
320 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.9 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 
316 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 
316 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 
316 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.63 
 
 
316 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.81 
 
 
321 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.27 
 
 
320 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.58 
 
 
343 aa  124  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.27 
 
 
320 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.27 
 
 
376 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.66 
 
 
318 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32.4 
 
 
331 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 
316 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.85 
 
 
316 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 
329 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  33.7 
 
 
319 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  34.94 
 
 
307 aa  122  7e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.08 
 
 
319 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  34.88 
 
 
320 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.29 
 
 
320 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.94 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  35.07 
 
 
307 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.94 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  31.58 
 
 
322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.57 
 
 
308 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  34.57 
 
 
308 aa  119  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 
320 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  29.22 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  34.54 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.16 
 
 
318 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.69 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.51 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.8 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.1 
 
 
319 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>