More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_3338 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
312 aa  635    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  90.1 
 
 
312 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  88.82 
 
 
312 aa  565  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  81.73 
 
 
309 aa  525  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  81.73 
 
 
309 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  81.73 
 
 
309 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  38.95 
 
 
294 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  34.86 
 
 
295 aa  161  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  35.09 
 
 
296 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  35.09 
 
 
296 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  35.09 
 
 
296 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  35.09 
 
 
296 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  37.84 
 
 
289 aa  160  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  35.09 
 
 
296 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 
311 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
296 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  34.72 
 
 
296 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  34.72 
 
 
296 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
296 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
294 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
294 aa  159  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
296 aa  159  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
296 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
296 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  34.34 
 
 
295 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  34.72 
 
 
296 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  36.7 
 
 
292 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  34.34 
 
 
295 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
296 aa  156  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  36.7 
 
 
292 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  33.96 
 
 
296 aa  153  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  33.47 
 
 
306 aa  150  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  36.06 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  31.06 
 
 
299 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  32.75 
 
 
307 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  36.33 
 
 
307 aa  143  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  34.69 
 
 
307 aa  142  5e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  142  6e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  142  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  33.59 
 
 
312 aa  139  6e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  31.7 
 
 
292 aa  139  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  31.99 
 
 
308 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  36.73 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.73 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  36.73 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.73 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.22 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.52 
 
 
301 aa  126  6e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  30.28 
 
 
310 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.9 
 
 
311 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.47 
 
 
312 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.02 
 
 
317 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.11 
 
 
320 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.591469  normal  0.698974 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  26.42 
 
 
322 aa  112  6e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1720  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.11 
 
 
320 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000157019  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.88 
 
 
321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  28.83 
 
 
315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.07 
 
 
314 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.79 
 
 
328 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.09 
 
 
310 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0308005  normal  0.0252838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.95 
 
 
319 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.8 
 
 
324 aa  106  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.57 
 
 
330 aa  107  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.35 
 
 
333 aa  106  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
310 aa  106  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.11 
 
 
320 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.25 
 
 
345 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000045016  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.76 
 
 
316 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  30.22 
 
 
319 aa  104  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.76 
 
 
316 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.53 
 
 
318 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2120  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 
332 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0534772  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.52 
 
 
319 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.3 
 
 
319 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.51 
 
 
371 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2073  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.65 
 
 
313 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.269264  hitchhiker  0.00000246592 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 
316 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 
316 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 
316 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0412  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.4 
 
 
318 aa  102  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.91 
 
 
316 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 
343 aa  102  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.99 
 
 
319 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.86 
 
 
320 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  26.49 
 
 
320 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1986  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.2 
 
 
313 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277686  normal  0.0546729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1988  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.2 
 
 
313 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188386  hitchhiker  0.000242477 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.86 
 
 
320 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0970  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.8 
 
 
318 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1630  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 
329 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  27.86 
 
 
320 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
333 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1574  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 
329 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  29.05 
 
 
318 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.86 
 
 
376 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>