More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0882 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
319 aa  636    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  98.75 
 
 
319 aa  630  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  85.27 
 
 
319 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  73.04 
 
 
320 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  73.04 
 
 
320 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  73.04 
 
 
376 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  71.79 
 
 
320 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.76 
 
 
316 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.06 
 
 
316 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  76.06 
 
 
316 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.06 
 
 
316 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.06 
 
 
316 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  74.65 
 
 
316 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.83 
 
 
320 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  72.48 
 
 
320 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  69.11 
 
 
321 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  74.65 
 
 
316 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.38 
 
 
318 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.31 
 
 
318 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.81 
 
 
321 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  66.88 
 
 
319 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  65.93 
 
 
337 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  68.01 
 
 
319 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  67.41 
 
 
318 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  65.19 
 
 
319 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  64.87 
 
 
319 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.93 
 
 
318 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  68.51 
 
 
319 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.69 
 
 
318 aa  394  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.54 
 
 
320 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.77 
 
 
329 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  52.48 
 
 
331 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  40.99 
 
 
335 aa  242  5e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  41.53 
 
 
327 aa  241  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.21 
 
 
328 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  42.14 
 
 
326 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.75 
 
 
343 aa  231  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.32 
 
 
312 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  37.5 
 
 
334 aa  162  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  31.91 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  35.82 
 
 
295 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  35.82 
 
 
295 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.99 
 
 
316 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.53 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  33.71 
 
 
296 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.08 
 
 
343 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  32.62 
 
 
296 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  32.26 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  32.26 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  32.26 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  32.26 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  32.26 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  32.26 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  32.26 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  29.76 
 
 
307 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  32.26 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  30.24 
 
 
294 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.4 
 
 
330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 
320 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  31.9 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  31.9 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  31.9 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  31.9 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.94 
 
 
329 aa  119  7e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  30.1 
 
 
364 aa  119  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  31.54 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.62 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  29.58 
 
 
289 aa  117  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  33.72 
 
 
307 aa  116  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  32.69 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  32.69 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  29.24 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  32.69 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  32.69 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  32.69 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.3 
 
 
315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
315 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
315 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
315 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  27.96 
 
 
292 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.24 
 
 
320 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  31.44 
 
 
292 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  31.1 
 
 
316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  27.69 
 
 
306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.56 
 
 
295 aa  109  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.54 
 
 
292 aa  109  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  32.18 
 
 
307 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.34 
 
 
311 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4625  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.82 
 
 
329 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.525494 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
299 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  27.17 
 
 
316 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.3 
 
 
312 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.95 
 
 
319 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.8 
 
 
308 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0691  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.69 
 
 
335 aa  103  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0990716 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  32.95 
 
 
310 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.8 
 
 
308 aa  102  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.42 
 
 
308 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>