More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_3307 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
337 aa  689    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  77.54 
 
 
337 aa  545  1e-154  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0222  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 
324 aa  185  8e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.08 
 
 
323 aa  176  6e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.08 
 
 
323 aa  176  6e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.59 
 
 
338 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.81 
 
 
345 aa  134  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.52 
 
 
349 aa  129  7.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4704  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.28 
 
 
382 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.51682  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
331 aa  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  27.65 
 
 
331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.45 
 
 
343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6155  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  29.52 
 
 
317 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0424251 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.08 
 
 
327 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.46 
 
 
351 aa  112  9e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  27.31 
 
 
289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.48 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  26.05 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  27.27 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  26.8 
 
 
338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  27.73 
 
 
295 aa  110  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.69 
 
 
315 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.69 
 
 
315 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.69 
 
 
315 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.41 
 
 
311 aa  109  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  26.57 
 
 
357 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
315 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.940655  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.74 
 
 
331 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.92 
 
 
339 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.05 
 
 
320 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  26.57 
 
 
316 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.63 
 
 
315 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1365  ribose ABC transporter, periplasmic binding protein  28.92 
 
 
312 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  26.03 
 
 
313 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  25.46 
 
 
329 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5473  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.99 
 
 
315 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433436  normal  0.94425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.63 
 
 
315 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0393  sugar ABC transporter (sugar-binding protein)  27.61 
 
 
321 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1963  sugar ABC transporter substrate-binding protein  26.94 
 
 
320 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19860  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.78 
 
 
318 aa  104  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.22 
 
 
311 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.94 
 
 
312 aa  103  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.96 
 
 
319 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.74 
 
 
343 aa  103  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.46 
 
 
329 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.86 
 
 
318 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4599  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  27.68 
 
 
320 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.841849 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.46 
 
 
348 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 
368 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.57 
 
 
329 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.68 
 
 
326 aa  100  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  28.12 
 
 
352 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1601  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.52 
 
 
345 aa  99.8  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2009  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.08 
 
 
325 aa  99.8  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  26.9 
 
 
311 aa  99.8  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  25.89 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  25.28 
 
 
312 aa  97.8  2e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3131  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.24 
 
 
314 aa  98.2  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793964  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  25.89 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  25.89 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  25.89 
 
 
311 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.23 
 
 
308 aa  97.4  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 
329 aa  97.8  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.13 
 
 
313 aa  96.7  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  25.53 
 
 
313 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  28.76 
 
 
354 aa  96.3  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.56 
 
 
348 aa  95.9  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.06 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0778  ribose ABC transporter periplasmic-binding protein  27.55 
 
 
353 aa  94.7  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.481404  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.5 
 
 
326 aa  94.4  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.93 
 
 
330 aa  93.6  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  26.55 
 
 
351 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.32 
 
 
317 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.53 
 
 
315 aa  93.2  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  27.31 
 
 
319 aa  92.4  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  26.11 
 
 
351 aa  92.4  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1681  putative secreted solute-binding lipoprotein  25 
 
 
344 aa  92.4  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.156663  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
322 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.47 
 
 
372 aa  92.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.6 
 
 
321 aa  92  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2854  putative secreted solute-binding lipoprotein  27.37 
 
 
324 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  26.07 
 
 
357 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.62 
 
 
342 aa  91.3  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  27.8 
 
 
351 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  26.95 
 
 
308 aa  90.5  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.36 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.09 
 
 
350 aa  90.1  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  24.92 
 
 
306 aa  89.7  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1086  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.48 
 
 
313 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.199216 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  25.75 
 
 
319 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.85 
 
 
320 aa  89.7  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  26.64 
 
 
319 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  25.37 
 
 
364 aa  89.4  8e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4965  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.37 
 
 
313 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111268  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.25 
 
 
295 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.994176 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  23.29 
 
 
319 aa  89  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.81 
 
 
314 aa  87.8  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4445  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.37 
 
 
313 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000956374 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  26.71 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.89 
 
 
316 aa  88.6  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>