More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1366 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
329 aa  659    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  41 
 
 
338 aa  230  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.6 
 
 
330 aa  222  6e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  39.21 
 
 
329 aa  209  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6094  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.41 
 
 
323 aa  200  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.14 
 
 
350 aa  192  7e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0994  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.79 
 
 
349 aa  155  6e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.51 
 
 
319 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.158898  normal  0.129182 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  32.56 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  33.33 
 
 
329 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  32.22 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.17 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.13 
 
 
321 aa  127  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.33 
 
 
345 aa  126  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.54 
 
 
329 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  31.6 
 
 
289 aa  123  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.5 
 
 
349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  32.4 
 
 
312 aa  119  9.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.99 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.11 
 
 
331 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  33.33 
 
 
296 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.8 
 
 
339 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.08 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  30.83 
 
 
292 aa  110  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1062  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.58 
 
 
328 aa  109  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524884  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.41 
 
 
314 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.99 
 
 
312 aa  107  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.46 
 
 
315 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  32.1 
 
 
295 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.46 
 
 
315 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  32.1 
 
 
295 aa  106  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  32.69 
 
 
296 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  32.69 
 
 
296 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  32.69 
 
 
296 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  32.69 
 
 
296 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  32.69 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  32.31 
 
 
296 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  32.31 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  32.31 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  32.31 
 
 
294 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 
315 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  32.31 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 
315 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5473  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 
315 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433436  normal  0.94425 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 
315 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  32.31 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  31.15 
 
 
292 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  32.31 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  32.31 
 
 
294 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.59 
 
 
343 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  30.23 
 
 
292 aa  103  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  31.92 
 
 
296 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  30.53 
 
 
294 aa  102  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  31.15 
 
 
292 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  31 
 
 
296 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.01 
 
 
318 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.34 
 
 
326 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.08 
 
 
311 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29 
 
 
315 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  30.5 
 
 
311 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  30.5 
 
 
311 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  30.89 
 
 
313 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  30.5 
 
 
311 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  30.5 
 
 
311 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  30.63 
 
 
296 aa  99.8  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.27 
 
 
308 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.88 
 
 
301 aa  97.1  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 
337 aa  97.1  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5809  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  28.95 
 
 
331 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3131  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
314 aa  96.3  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793964  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.96 
 
 
330 aa  96.3  7e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
346 aa  95.5  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.84 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  29.72 
 
 
315 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  27.8 
 
 
316 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  31.65 
 
 
357 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.06 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
337 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625746  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
319 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.06 
 
 
312 aa  94.4  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  31.27 
 
 
316 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2985  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  30.69 
 
 
336 aa  94.4  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126254  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6710  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  28.05 
 
 
331 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440152 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0225  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  28.32 
 
 
329 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0414  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  27.2 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000239184  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.1 
 
 
311 aa  92.8  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.03 
 
 
342 aa  92  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1348  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.92 
 
 
313 aa  90.5  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.567327  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  26.79 
 
 
313 aa  90.5  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1601  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.18 
 
 
345 aa  90.1  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.69 
 
 
316 aa  89.7  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.66 
 
 
313 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.03 
 
 
310 aa  89.4  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  25.96 
 
 
334 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.48 
 
 
313 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.95 
 
 
323 aa  88.6  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.95 
 
 
323 aa  88.6  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.02 
 
 
324 aa  88.2  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  29.67 
 
 
318 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>