More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2605 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
346 aa  702    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0505  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.83 
 
 
339 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.298417  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  62.69 
 
 
341 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0234  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.06 
 
 
345 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.594018 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.87 
 
 
343 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0990  ABC sugar transporter, periplasmic sugar binding subunit  62.42 
 
 
340 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2650  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  62.74 
 
 
340 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.12 
 
 
341 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0193785  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.06 
 
 
339 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.42 
 
 
343 aa  381  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.64 
 
 
338 aa  383  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.76 
 
 
339 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.986111  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1373  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.48 
 
 
342 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507324  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0390  D-ribose-binding periplasmic protein precursor  58.1 
 
 
337 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.596263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.8 
 
 
347 aa  360  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  55.81 
 
 
342 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  50 
 
 
334 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.27 
 
 
337 aa  291  8e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625746  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  53.87 
 
 
333 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.41 
 
 
334 aa  289  5.0000000000000004e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.94 
 
 
332 aa  288  8e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225562  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0542  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.25 
 
 
337 aa  281  8.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3354  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.32 
 
 
334 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.26 
 
 
325 aa  280  3e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2608  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.35 
 
 
333 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.654237  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.16 
 
 
329 aa  272  6e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0719  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.15 
 
 
384 aa  267  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.356733  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2221  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50 
 
 
332 aa  264  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.1443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7032  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.52 
 
 
363 aa  265  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1903  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.8 
 
 
346 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00223597  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3558  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.29 
 
 
336 aa  262  8e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.617929  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.71 
 
 
337 aa  255  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000254635  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3130  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.15 
 
 
335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.910041  hitchhiker  0.00277477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.88 
 
 
380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.11537 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.21 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.34 
 
 
312 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  30.77 
 
 
292 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  30.84 
 
 
295 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  30.32 
 
 
292 aa  109  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0209  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  35.32 
 
 
314 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  33.69 
 
 
315 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0195  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  35.83 
 
 
315 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1653  ABC transporter sugar-binding protein  35.83 
 
 
314 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0284  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  35.83 
 
 
314 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  29.86 
 
 
294 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  30.74 
 
 
292 aa  106  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.71 
 
 
323 aa  105  9e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  31.1 
 
 
292 aa  105  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.71 
 
 
323 aa  105  9e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.24 
 
 
330 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6712  ABC transporter  32.84 
 
 
315 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.169373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
310 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.66 
 
 
312 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
338 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3767  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.45 
 
 
343 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0706737  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.46 
 
 
343 aa  100  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  28.74 
 
 
307 aa  100  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.24 
 
 
296 aa  99.4  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2171  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.28 
 
 
343 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.982265  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.3 
 
 
319 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  27.31 
 
 
289 aa  97.1  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  30.22 
 
 
299 aa  96.7  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  28.83 
 
 
308 aa  96.3  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  29.87 
 
 
295 aa  95.9  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  30.36 
 
 
295 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.47 
 
 
318 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.86 
 
 
301 aa  95.9  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
329 aa  95.1  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.16 
 
 
319 aa  94.4  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.52 
 
 
315 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  28 
 
 
311 aa  94  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  28 
 
 
311 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  28 
 
 
311 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  28 
 
 
311 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  28 
 
 
313 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 
311 aa  93.2  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0494  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.89 
 
 
305 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023475  normal  0.304635 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4681  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.61 
 
 
314 aa  92.8  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.514676  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  32.3 
 
 
313 aa  92.8  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  30.59 
 
 
296 aa  92.4  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  26.99 
 
 
337 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  29.52 
 
 
322 aa  92.4  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  30.92 
 
 
296 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  30.92 
 
 
296 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.43 
 
 
309 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00405542  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1423  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.2 
 
 
314 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  30.92 
 
 
296 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.21 
 
 
318 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  30.92 
 
 
296 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  30.92 
 
 
296 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29 
 
 
319 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1463  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.42 
 
 
314 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  28.74 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.79 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
319 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  30.26 
 
 
296 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  30.26 
 
 
296 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  30.26 
 
 
296 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  30.26 
 
 
296 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  30.26 
 
 
294 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>