More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3767 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3767  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
343 aa  693    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0706737  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  40.88 
 
 
321 aa  246  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.86 
 
 
330 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3705  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.54 
 
 
320 aa  210  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0812  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.27 
 
 
319 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.27 
 
 
319 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0158  sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  35.69 
 
 
319 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000066936 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 
316 aa  150  2e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.6 
 
 
308 aa  142  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.09 
 
 
315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.27 
 
 
322 aa  139  6e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  29.59 
 
 
307 aa  133  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  29.88 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  27.97 
 
 
315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  30.92 
 
 
295 aa  130  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.46 
 
 
292 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  30.18 
 
 
307 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  29.92 
 
 
296 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  29.92 
 
 
296 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  29.92 
 
 
296 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  29.92 
 
 
296 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  29.92 
 
 
296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.82 
 
 
311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  28.4 
 
 
295 aa  126  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
294 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
294 aa  125  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.09 
 
 
292 aa  126  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  28.4 
 
 
295 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  29.53 
 
 
296 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  29.53 
 
 
296 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
296 aa  125  9e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
296 aa  125  9e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  29.53 
 
 
296 aa  125  9e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  29.53 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.11 
 
 
308 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.43 
 
 
308 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
296 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.51 
 
 
328 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  30.53 
 
 
308 aa  122  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.47 
 
 
335 aa  122  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  30.19 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  30.18 
 
 
308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4660  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.15 
 
 
417 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.11 
 
 
308 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  29.11 
 
 
308 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.11 
 
 
308 aa  119  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  29.11 
 
 
308 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.11 
 
 
308 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  27.24 
 
 
292 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  27.65 
 
 
294 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28.2 
 
 
289 aa  117  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  27.2 
 
 
292 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.66 
 
 
324 aa  116  6e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  27.11 
 
 
306 aa  115  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  27.95 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.67 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.42 
 
 
334 aa  113  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.29 
 
 
347 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
320 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.22 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.87 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.28 
 
 
329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.1 
 
 
301 aa  109  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  25.36 
 
 
316 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2608  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.92 
 
 
333 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.654237  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.45 
 
 
346 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 
321 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0234  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.3 
 
 
345 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.594018 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  29.04 
 
 
342 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.91 
 
 
348 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3354  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.96 
 
 
334 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.04 
 
 
333 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.39 
 
 
311 aa  103  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3130  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.59 
 
 
335 aa  103  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.910041  hitchhiker  0.00277477 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2371  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.65 
 
 
341 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  27.56 
 
 
316 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  27.64 
 
 
312 aa  102  7e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
327 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.3 
 
 
338 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  29.04 
 
 
334 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2221  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.96 
 
 
332 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.1443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1903  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 
346 aa  99.8  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00223597  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4768  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.75 
 
 
318 aa  99.8  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.379262  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2650  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.91 
 
 
340 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3448  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.55 
 
 
326 aa  99.4  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 
332 aa  99.8  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225562  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  28.52 
 
 
341 aa  99.4  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 
339 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.1 
 
 
339 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  26.44 
 
 
339 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  29.15 
 
 
313 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.46 
 
 
318 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0990  ABC sugar transporter, periplasmic sugar binding subunit  28.52 
 
 
340 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4229  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.66 
 
 
318 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.32 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.62 
 
 
314 aa  97.4  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.82 
 
 
322 aa  97.1  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.03 
 
 
310 aa  97.1  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0308005  normal  0.0252838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>