More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2475 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 
321 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.25 
 
 
330 aa  332  8e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3705  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.12 
 
 
320 aa  297  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3767  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.88 
 
 
343 aa  223  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0706737  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.56 
 
 
319 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0812  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.56 
 
 
319 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0158  sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  37.81 
 
 
319 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000066936 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31 
 
 
311 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  32.47 
 
 
308 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  30.72 
 
 
322 aa  142  5e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  30.8 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.93 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.91 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.33 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.22 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  31.27 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  32.96 
 
 
307 aa  133  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  30.93 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  29.31 
 
 
292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.14 
 
 
292 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.47 
 
 
320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  32.12 
 
 
307 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  30.93 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  30.93 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  30.93 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  30.93 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
296 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  30.88 
 
 
296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  30.24 
 
 
296 aa  126  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
294 aa  125  9e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
294 aa  125  9e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  30.58 
 
 
296 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  30.58 
 
 
296 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
296 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.58 
 
 
308 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
296 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.9 
 
 
310 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
296 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  30.58 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  27.8 
 
 
292 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.2 
 
 
308 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
294 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  29.48 
 
 
289 aa  123  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.2 
 
 
308 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.9 
 
 
315 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.2 
 
 
308 aa  123  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  28.3 
 
 
316 aa  122  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  30.93 
 
 
315 aa  122  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.21 
 
 
327 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  27.93 
 
 
296 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  28.67 
 
 
296 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  27.84 
 
 
299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  30.56 
 
 
310 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.01 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.01 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.57 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  29.78 
 
 
309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.82 
 
 
308 aa  113  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.44 
 
 
328 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.82 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  31.82 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.82 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  31.82 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4660  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.75 
 
 
417 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.93 
 
 
309 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
306 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3126  monosaccharide-transporting ATPase  29.45 
 
 
310 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 
321 aa  108  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0970  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
318 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 
322 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4011  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.11 
 
 
319 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  25.97 
 
 
306 aa  107  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 
335 aa  106  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  30.26 
 
 
339 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.82 
 
 
317 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.89 
 
 
339 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.29 
 
 
343 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.42 
 
 
308 aa  103  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  28.68 
 
 
334 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 
318 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5745  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.91 
 
 
318 aa  102  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04096  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.26 
 
 
334 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3783  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4705  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04060  hypothetical protein  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4856  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4797  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4481  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.91 
 
 
318 aa  102  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2171  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.11 
 
 
343 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.982265  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.71 
 
 
319 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.71 
 
 
319 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.72 
 
 
309 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.86 
 
 
310 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.18 
 
 
329 aa  99.8  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.1 
 
 
318 aa  99.8  6e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  29.12 
 
 
342 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1761  sugar binding protein precursor  31.15 
 
 
305 aa  99.4  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0787937  hitchhiker  0.0000489999 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1611  monosaccharide-transporting ATPase  31.15 
 
 
305 aa  99.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>