More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7364 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 
316 aa  637    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.4 
 
 
348 aa  441  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  43.19 
 
 
364 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.61 
 
 
320 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.8 
 
 
330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  34.38 
 
 
319 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  33.68 
 
 
337 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  31.96 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.98 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.09 
 
 
311 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 
318 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  33.45 
 
 
318 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.67 
 
 
320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  34.19 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  34.19 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  34.19 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  34.19 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  33.82 
 
 
313 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  31.08 
 
 
326 aa  126  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.63 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 
320 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.07 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  31.37 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  31.97 
 
 
296 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  30.39 
 
 
320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.8 
 
 
311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.68 
 
 
316 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.26 
 
 
321 aa  119  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  29.97 
 
 
319 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  29.93 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  29.97 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  31.99 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  29.97 
 
 
319 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  29.68 
 
 
315 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.98 
 
 
316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.98 
 
 
295 aa  116  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  29.68 
 
 
320 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  31.94 
 
 
289 aa  116  6e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.57 
 
 
322 aa  116  6e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  30.5 
 
 
295 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  30.5 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.68 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.68 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  29.68 
 
 
376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  29.24 
 
 
310 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  29 
 
 
292 aa  112  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  29.68 
 
 
296 aa  112  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  30.85 
 
 
296 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.9 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.96 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.03 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  27.62 
 
 
327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.62 
 
 
328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.68 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  28.27 
 
 
313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 
319 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.49 
 
 
329 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.24 
 
 
331 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  29.52 
 
 
296 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  29.52 
 
 
294 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  29.52 
 
 
296 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  33.93 
 
 
339 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  29.52 
 
 
296 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.5 
 
 
313 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  29.52 
 
 
296 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
281 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  29.52 
 
 
296 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  29.52 
 
 
294 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  27.89 
 
 
335 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  29.15 
 
 
296 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  28.62 
 
 
292 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  29.52 
 
 
296 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 
315 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 
315 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4095  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
328 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.62 
 
 
292 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.99 
 
 
315 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4207  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
328 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.21 
 
 
310 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
326 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.85 
 
 
335 aa  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.1 
 
 
292 aa  106  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  29.3 
 
 
296 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  29.3 
 
 
296 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  29.3 
 
 
296 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  29.3 
 
 
296 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  29.67 
 
 
299 aa  106  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 
322 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  29.3 
 
 
296 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  29.18 
 
 
294 aa  105  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4198  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.41 
 
 
308 aa  105  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  33.93 
 
 
339 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>