More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2454 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 
319 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  98.43 
 
 
319 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  96.24 
 
 
319 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  90.85 
 
 
318 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  75.55 
 
 
319 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  75.55 
 
 
318 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  74.61 
 
 
319 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  75.56 
 
 
319 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  73.63 
 
 
337 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  72.05 
 
 
320 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  69.09 
 
 
316 aa  431  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.4 
 
 
316 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.4 
 
 
316 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.4 
 
 
316 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  72.05 
 
 
320 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  72.05 
 
 
376 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.4 
 
 
316 aa  431  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  71.38 
 
 
320 aa  428  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  70.06 
 
 
320 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  71.91 
 
 
320 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.08 
 
 
316 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.08 
 
 
316 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.91 
 
 
318 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  65.18 
 
 
319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.67 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.77 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.45 
 
 
321 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  63.92 
 
 
321 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.74 
 
 
318 aa  384  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.67 
 
 
318 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.43 
 
 
320 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.63 
 
 
329 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  51.93 
 
 
331 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  44.3 
 
 
326 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  44.44 
 
 
335 aa  248  9e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  42.02 
 
 
327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.02 
 
 
328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.45 
 
 
343 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  37.87 
 
 
334 aa  166  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.69 
 
 
312 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.35 
 
 
330 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  33.91 
 
 
296 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
295 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  34.72 
 
 
295 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  32.99 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  32.99 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  33.89 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  32.99 
 
 
296 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  33.89 
 
 
313 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  33.89 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  33.89 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  33.89 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  32.99 
 
 
296 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  32.64 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  33.33 
 
 
296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  32.69 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.72 
 
 
343 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 
315 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  31.29 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 
320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  32.4 
 
 
294 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  31.29 
 
 
292 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  29.64 
 
 
307 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
311 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  29.47 
 
 
308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  31.51 
 
 
292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  29.97 
 
 
316 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  30.93 
 
 
364 aa  116  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  30.45 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.58 
 
 
295 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  30.6 
 
 
299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.12 
 
 
311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 
329 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.61 
 
 
313 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  26.58 
 
 
306 aa  109  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  31.41 
 
 
307 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28.07 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.04 
 
 
313 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.66 
 
 
313 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  30.57 
 
 
307 aa  106  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.17 
 
 
348 aa  106  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  28.7 
 
 
334 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.51 
 
 
308 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.51 
 
 
318 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.19 
 
 
308 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2651  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 
313 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132029  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  31.19 
 
 
308 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.47 
 
 
301 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  27.62 
 
 
313 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  25.96 
 
 
316 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>