More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0558 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
331 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  82.48 
 
 
329 aa  529  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.84 
 
 
316 aa  344  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  56.69 
 
 
320 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  56.34 
 
 
320 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  56.69 
 
 
320 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  56.69 
 
 
376 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.9 
 
 
316 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  55.09 
 
 
316 aa  334  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  52.72 
 
 
321 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.93 
 
 
316 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.28 
 
 
316 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.28 
 
 
316 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.28 
 
 
316 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  53.14 
 
 
320 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53 
 
 
318 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.14 
 
 
320 aa  328  7e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.23 
 
 
321 aa  324  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.53 
 
 
318 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  53.68 
 
 
319 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  47.87 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.58 
 
 
319 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.84 
 
 
319 aa  302  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.48 
 
 
319 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  52.28 
 
 
319 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  52.28 
 
 
319 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.48 
 
 
319 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  47.32 
 
 
319 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  51.93 
 
 
319 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  50.88 
 
 
318 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.75 
 
 
320 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.11 
 
 
318 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.77 
 
 
318 aa  265  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  40.69 
 
 
335 aa  224  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  36.93 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  34.49 
 
 
327 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.98 
 
 
328 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.75 
 
 
343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.16 
 
 
312 aa  149  6e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  31.4 
 
 
334 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.82 
 
 
330 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  31.65 
 
 
311 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  31.65 
 
 
313 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.46 
 
 
316 aa  124  1e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  31.29 
 
 
311 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  31.29 
 
 
311 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  31.29 
 
 
311 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  29.02 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  26.67 
 
 
364 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.38 
 
 
321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  29.15 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  27.3 
 
 
307 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.83 
 
 
311 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  30.24 
 
 
316 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  28.36 
 
 
296 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  27.99 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  27.99 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  26.06 
 
 
289 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  27.99 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  27.99 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  27.61 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
294 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  27.61 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
294 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  27.61 
 
 
296 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  24.91 
 
 
306 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  27.61 
 
 
296 aa  103  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  28.29 
 
 
295 aa  102  9e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.18 
 
 
320 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50320  ABC transporter substrate binding protein  28.75 
 
 
315 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.01 
 
 
306 aa  100  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  25.98 
 
 
296 aa  100  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.77 
 
 
301 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.39 
 
 
311 aa  99.4  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.92 
 
 
310 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  27.14 
 
 
296 aa  97.4  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.9 
 
 
329 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.68 
 
 
316 aa  97.1  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.9 
 
 
312 aa  97.1  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  30.9 
 
 
306 aa  96.7  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  26.69 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  25.71 
 
 
295 aa  95.9  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.08 
 
 
320 aa  95.9  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  25.71 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.06 
 
 
314 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  25.69 
 
 
292 aa  94.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 
343 aa  94  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.74 
 
 
308 aa  93.2  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.42 
 
 
319 aa  92.4  8e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 
348 aa  92.4  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.77 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.1 
 
 
312 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.61 
 
 
315 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  24.2 
 
 
292 aa  90.9  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.43 
 
 
334 aa  90.9  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 
312 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  26.24 
 
 
307 aa  90.5  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>