More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1110 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  100 
 
 
334 aa  671    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.68 
 
 
312 aa  186  4e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.93 
 
 
320 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  41.64 
 
 
321 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  39.86 
 
 
320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.52 
 
 
321 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  39.71 
 
 
318 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.37 
 
 
319 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  39.26 
 
 
319 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  39.41 
 
 
376 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  39.41 
 
 
320 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  39.41 
 
 
320 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.85 
 
 
316 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.09 
 
 
318 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  38.27 
 
 
319 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.36 
 
 
330 aa  167  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  39.85 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.46 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.46 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.46 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  37.59 
 
 
319 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  37.87 
 
 
319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.05 
 
 
320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.46 
 
 
316 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  38.24 
 
 
320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.46 
 
 
316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  37.24 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  36.07 
 
 
311 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  36.46 
 
 
311 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  36.46 
 
 
313 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  36.07 
 
 
311 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  36.07 
 
 
311 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 
319 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  37.5 
 
 
337 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.54 
 
 
319 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.69 
 
 
319 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.73 
 
 
318 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.9 
 
 
343 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.11 
 
 
318 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  33.03 
 
 
335 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.29 
 
 
318 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  34.28 
 
 
326 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.78 
 
 
329 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.03 
 
 
320 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.21 
 
 
311 aa  134  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  30.77 
 
 
327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.25 
 
 
315 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.4 
 
 
331 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  32.86 
 
 
295 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  31.43 
 
 
296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  30.25 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
295 aa  125  9e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  31.56 
 
 
307 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  32.14 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  32.14 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  30.36 
 
 
296 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  32.14 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  31.54 
 
 
308 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  31.79 
 
 
292 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  32.14 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.72 
 
 
316 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  31.43 
 
 
296 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  31.08 
 
 
292 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 
311 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  32.09 
 
 
294 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  30.07 
 
 
292 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 
320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  32.93 
 
 
295 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.93 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.05 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  31.07 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  32.51 
 
 
289 aa  110  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  33.21 
 
 
307 aa  109  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.78 
 
 
301 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 
321 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.27 
 
 
343 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.49 
 
 
308 aa  107  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  30.75 
 
 
307 aa  106  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.49 
 
 
308 aa  106  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.49 
 
 
308 aa  106  7e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  26.07 
 
 
315 aa  106  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  32.49 
 
 
308 aa  105  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.39 
 
 
337 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.15 
 
 
320 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  29.39 
 
 
312 aa  102  8e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.53 
 
 
330 aa  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.22 
 
 
348 aa  99.8  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  30.26 
 
 
364 aa  99.4  8e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  27.66 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>