More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1903 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1903  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
346 aa  698    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00223597  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  80.66 
 
 
337 aa  502  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000254635  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3354  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  77.74 
 
 
334 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2221  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  74.1 
 
 
332 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.1443 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  75.4 
 
 
332 aa  457  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225562  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  68.28 
 
 
334 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.26 
 
 
337 aa  440  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625746  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0542  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.86 
 
 
337 aa  435  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  70.65 
 
 
333 aa  431  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  65.61 
 
 
342 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.77 
 
 
334 aa  426  1e-118  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2608  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.68 
 
 
333 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.654237  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.29 
 
 
325 aa  361  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.34 
 
 
329 aa  358  8e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7032  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.52 
 
 
363 aa  332  7.000000000000001e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3130  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.48 
 
 
335 aa  326  4.0000000000000003e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.910041  hitchhiker  0.00277477 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.61 
 
 
343 aa  306  3e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.52 
 
 
341 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0193785  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  52.92 
 
 
341 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0505  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.49 
 
 
339 aa  285  5.999999999999999e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.298417  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.88 
 
 
347 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.47 
 
 
343 aa  280  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0234  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.68 
 
 
345 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.594018 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.34 
 
 
339 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0990  ABC sugar transporter, periplasmic sugar binding subunit  50 
 
 
340 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.34 
 
 
338 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.34 
 
 
339 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.986111  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2650  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50 
 
 
340 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.8 
 
 
346 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0390  D-ribose-binding periplasmic protein precursor  48.38 
 
 
337 aa  257  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.596263 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1373  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.81 
 
 
342 aa  255  9e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507324  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3558  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.65 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.617929  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.14 
 
 
380 aa  226  4e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.11537 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0719  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.56 
 
 
384 aa  186  5e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.356733  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  31.01 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  30.65 
 
 
294 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  30.87 
 
 
292 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  30.87 
 
 
292 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.32 
 
 
292 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  30.48 
 
 
292 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.63 
 
 
295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  30.22 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  30.42 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  30.42 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.25 
 
 
316 aa  113  5e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6712  ABC transporter  33.02 
 
 
315 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0620834  normal  0.169373 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.21 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.32 
 
 
311 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  30.32 
 
 
296 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.96 
 
 
308 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  32.05 
 
 
327 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  30.11 
 
 
299 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  33.45 
 
 
315 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  30.39 
 
 
296 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  31.58 
 
 
307 aa  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  29.9 
 
 
296 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  30.84 
 
 
296 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.68 
 
 
301 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.69 
 
 
312 aa  104  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  30.84 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  30.84 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.7 
 
 
328 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  30.84 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  30.84 
 
 
296 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  30.52 
 
 
296 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  30.52 
 
 
296 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  30.52 
 
 
296 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  30.52 
 
 
296 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  30.52 
 
 
296 aa  103  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  30.52 
 
 
296 aa  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  30.62 
 
 
294 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  30.62 
 
 
294 aa  102  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  28.38 
 
 
311 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  28.38 
 
 
311 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  28.38 
 
 
311 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  28.38 
 
 
311 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  31.29 
 
 
296 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0494  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 
305 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023475  normal  0.304635 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  27.7 
 
 
313 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.21 
 
 
311 aa  99.4  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 
310 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  30.79 
 
 
326 aa  98.2  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  29.62 
 
 
316 aa  97.8  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  26.6 
 
 
306 aa  97.4  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2806  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  30.94 
 
 
313 aa  97.1  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  28.52 
 
 
307 aa  96.3  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.83 
 
 
308 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1653  ABC transporter sugar-binding protein  31.4 
 
 
314 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0284  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.4 
 
 
314 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0195  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  31.4 
 
 
315 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.8 
 
 
343 aa  94  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3767  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 
343 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0706737  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.84 
 
 
330 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.83 
 
 
309 aa  93.6  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00405542  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.47 
 
 
308 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.83 
 
 
330 aa  93.2  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.47 
 
 
308 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.93 
 
 
320 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0209  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  32.71 
 
 
314 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.11 
 
 
308 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>