More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1685 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  100 
 
 		 334 aa  673    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  63.77 
 
 		 342 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  53.29 
 
 		 342 aa  359  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  51.23 
 
 		 342 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  50.3 
 
 		 343 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  42.11 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  42.27 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 348 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  40.84 
 
 		 373 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  39.03 
 
 		 368 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  39.09 
 
 		 379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 351 aa  145  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  33.79 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  33.11 
 
 		 354 aa  137  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  33 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  32.77 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  30.1 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  31.51 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  33.11 
 
 		 342 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 		 340 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  29.62 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  27.89 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  31.19 
 
 		 343 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  28.02 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  31.97 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  27.36 
 
 		 340 aa  99  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  29.15 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  31.33 
 
 		 346 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  31.92 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  29.47 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  29.59 
 
 		 339 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  28.67 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  28.38 
 
 		 352 aa  89.7  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  29.9 
 
 		 339 aa  87.4  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  24.35 
 
 		 346 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  26.93 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  27.98 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  27.24 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  29.53 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 		 347 aa  83.2  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  27.24 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  27.24 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  27.73 
 
 		 336 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  26.93 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  25.09 
 
 		 357 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  28.28 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  23.76 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  28.68 
 
 		 341 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  25.94 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  27.12 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.4 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  25.88 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  25.07 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  27.44 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  24.93 
 
 		 328 aa  64.3  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  23.51 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  37 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  22.51 
 
 		 358 aa  58.9  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  24.53 
 
 		 377 aa  56.6  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.4 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.22 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 349 aa  55.8  0.0000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  25.19 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.71 
 
 		 349 aa  54.7  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  33.33 
 
 		 333 aa  55.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3766  LacI family transcription regulator  27.84 
 
 		 361 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  34.48 
 
 		 342 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  39.51 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  22.61 
 
 		 364 aa  53.9  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 337 aa  53.5  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  34.18 
 
 		 332 aa  53.5  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.12 
 
 		 332 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  24.58 
 
 		 310 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  26.3 
 
 		 337 aa  52.8  0.000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  26.03 
 
 		 328 aa  52.8  0.000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4188  regulatory protein, LacI  22.61 
 
 		 332 aa  52.8  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.96 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  38.27 
 
 		 325 aa  52.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3558  LacI family transcription regulator  27.7 
 
 		 354 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  35.71 
 
 		 324 aa  52.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  40.96 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  40.96 
 
 		 339 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>