More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5753 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  100 
 
 		 335 aa  668    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  53.43 
 
 		 345 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  45.59 
 
 		 351 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  45.59 
 
 		 351 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  46.65 
 
 		 354 aa  279  6e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  45.61 
 
 		 351 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  45.4 
 
 		 356 aa  273  3e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  45.19 
 
 		 349 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  42.94 
 
 		 342 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 357 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  38.89 
 
 		 340 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  38.17 
 
 		 343 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  38.6 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  40.94 
 
 		 345 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  38.26 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  38.08 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  38.04 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  38.66 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  36.31 
 
 		 357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  36.94 
 
 		 377 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  36.22 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 354 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 354 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  33.71 
 
 		 350 aa  153  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  33.04 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  35.5 
 
 		 363 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  34.11 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  32.42 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  32.66 
 
 		 342 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  31.36 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  33.63 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  33.9 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  32.59 
 
 		 350 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 348 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  31.03 
 
 		 373 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  30.26 
 
 		 339 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 347 aa  129  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  31.73 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  33.76 
 
 		 366 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  33.11 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  30.2 
 
 		 368 aa  119  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  30.68 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  30.47 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  29.28 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  31.37 
 
 		 345 aa  99.8  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  30 
 
 		 337 aa  99.4  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  27.22 
 
 		 364 aa  87.8  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.25 
 
 		 345 aa  84  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.19 
 
 		 338 aa  83.2  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  26.81 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.97 
 
 		 349 aa  75.9  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  25.16 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.4 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  26.16 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  23.91 
 
 		 346 aa  72.8  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  25 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  27.56 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.14 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.44 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.940655  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.73 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  20.99 
 
 		 344 aa  69.7  0.00000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.72 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  23.53 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  24.38 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  27.96 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.16 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  23.3 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.14 
 
 		 320 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  29.38 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0686  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.63 
 
 		 307 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3183  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236625  normal  0.225652 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.5 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.14 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  28.06 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  25.97 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  29.74 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0150  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  26.05 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.4 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  28.73 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.11 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>