More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0917 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  100 
 
 		 330 aa  667    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 346 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  37.08 
 
 		 333 aa  186  7e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 333 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 353 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  32.23 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 377 aa  159  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  29.85 
 
 		 343 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  30.84 
 
 		 357 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  36.22 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  34.59 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  32.01 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  31.91 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  33.01 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  30.38 
 
 		 349 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  32.6 
 
 		 356 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  33.24 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  30.2 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  29.62 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 		 340 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  28.21 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  29.08 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 347 aa  106  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  28.2 
 
 		 340 aa  105  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 342 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  26.89 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  28.95 
 
 		 342 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  26.93 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 342 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 373 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 346 aa  94  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  27.2 
 
 		 368 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  27.12 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  28.67 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  27.38 
 
 		 348 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  26.32 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  24.33 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  25.08 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  27.76 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  27.43 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  26.38 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 342 aa  82.4  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  25.79 
 
 		 350 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  27.44 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  26.73 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  25.28 
 
 		 364 aa  77.4  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 345 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  26.91 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.14 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.62 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.23 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.23 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  27.53 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.26 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  30.94 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  25.45 
 
 		 345 aa  62  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  23.84 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  27.13 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  23.01 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.39 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  23.57 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  24.85 
 
 		 368 aa  59.3  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0550  LacI family transcription regulator  25.26 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  26.05 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  31.53 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  26.76 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  23.01 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  30.49 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.03 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0973  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.98 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000623082  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  32.03 
 
 		 333 aa  57  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.01 
 
 		 330 aa  55.8  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  25.69 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  25.45 
 
 		 332 aa  55.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3511  transcriptional regulator, LacI family  42.55 
 
 		 341 aa  55.1  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0677107  normal  0.351268 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.63 
 
 		 327 aa  54.3  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  28.98 
 
 		 338 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 332 aa  53.9  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  23.81 
 
 		 325 aa  53.9  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  22.12 
 
 		 331 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 333 aa  53.1  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.88 
 
 		 337 aa  53.1  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  22.29 
 
 		 337 aa  52.8  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  25.21 
 
 		 334 aa  52.8  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4188  regulatory protein, LacI  19.76 
 
 		 332 aa  52.8  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  27.49 
 
 		 346 aa  52.8  0.000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.28 
 
 		 372 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2287  LacI family transcription regulator  25.54 
 
 		 329 aa  52  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>