More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3344 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 334 aa  686    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  76.2 
 
 		 332 aa  531  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  71.99 
 
 		 332 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 338 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.61 
 
 		 351 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3197  LacI family transcription regulator  34.54 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  32.13 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  30.75 
 
 		 336 aa  172  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.82 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.38 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  31.58 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  34.32 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.29 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  32.21 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 328 aa  156  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.35 
 
 		 328 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  31.34 
 
 		 338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.36 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  30.37 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.56 
 
 		 337 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.47 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 353 aa  149  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 336 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.06 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  30.91 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.95 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2652  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126307  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  28.7 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.05 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.71 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 386 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33670  LacI family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.647475  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  28.83 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  31.33 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  27.35 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4848  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 331 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125371  normal  0.0610875 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3061  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.42 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1193  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 326 aa  143  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.502548  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.76 
 
 		 338 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  28.88 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 342 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  29.97 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  32.83 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 344 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.91 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.59 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.35 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.96 
 
 		 336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.39 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1273  transcriptional regulator, LacI family  29.61 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.39 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  29.76 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.52 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  30.19 
 
 		 343 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  29.76 
 
 		 323 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.39 
 
 		 341 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0271  transcriptional regulator, LacI family  29.62 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  32.22 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.85 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2850  LacI family transcription regulator  29.66 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.15 
 
 		 334 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 349 aa  136  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  29.46 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>