More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4155 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  100 
 
 
340 aa  674    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  96.76 
 
 
340 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  86.47 
 
 
340 aa  588  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  87.79 
 
 
344 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  87.94 
 
 
340 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  87.94 
 
 
340 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0185  alanine racemase  36.09 
 
 
349 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  39.41 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  39.65 
 
 
334 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  38.82 
 
 
336 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 
328 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  40.23 
 
 
342 aa  193  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0183  transcriptional regulator, LacI family  41.56 
 
 
334 aa  192  8e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  32.07 
 
 
343 aa  189  7e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.59 
 
 
340 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  31.55 
 
 
336 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.6 
 
 
359 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0294  transcriptional regulator, LacI family  38.1 
 
 
340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.3 
 
 
335 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 
342 aa  182  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 
350 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  30.95 
 
 
335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 
335 aa  179  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  32.8 
 
 
347 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  35.15 
 
 
330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 
345 aa  172  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 
338 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  37.78 
 
 
344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  36.02 
 
 
339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.8 
 
 
351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 
337 aa  160  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  33.65 
 
 
332 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  33 
 
 
318 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 
332 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 
332 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  33.75 
 
 
328 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 
332 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  33.84 
 
 
361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 
337 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  34.94 
 
 
350 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.38 
 
 
347 aa  150  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 
333 aa  150  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 
333 aa  149  6e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 
330 aa  149  7e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.67 
 
 
343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29.31 
 
 
324 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 
334 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 
346 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.7 
 
 
337 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
358 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 
349 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 
333 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  34.3 
 
 
336 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  32.67 
 
 
328 aa  143  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 
325 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  24.78 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.68 
 
 
330 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  35.55 
 
 
337 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  31.88 
 
 
339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 
339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 
348 aa  139  6e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.12 
 
 
346 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 
334 aa  138  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 
351 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.76 
 
 
346 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 
328 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 
328 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.43 
 
 
334 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.08 
 
 
341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3197  LacI family transcription regulator  34.22 
 
 
343 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 
336 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  30.61 
 
 
335 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.24 
 
 
341 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 
333 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  27.6 
 
 
342 aa  135  9e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5290  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 
330 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.12 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  31.1 
 
 
326 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  28.38 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  34.33 
 
 
341 aa  135  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.76 
 
 
347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2606  transcriptional regulator  26.01 
 
 
348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  28.15 
 
 
347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  32.05 
 
 
353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 
347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  32.35 
 
 
342 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 
346 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 
336 aa  133  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33670  LacI family transcriptional regulator  31.68 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.647475  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 
352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 
331 aa  133  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 
344 aa  133  5e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 
391 aa  133  5e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 
337 aa  133  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
336 aa  133  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  25.14 
 
 
344 aa  132  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>