More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0131 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 343 aa  681    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  48.66 
 
 		 365 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  47.95 
 
 		 355 aa  308  8e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0343  LacI family transcription regulator  44.01 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0241073  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4738  alanine racemase  47.83 
 
 		 351 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  43.84 
 
 		 342 aa  268  8.999999999999999e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  45.68 
 
 		 324 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  43.84 
 
 		 391 aa  258  9e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  37.09 
 
 		 335 aa  226  6e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.74 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  33.64 
 
 		 332 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  33.33 
 
 		 332 aa  195  9e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 		 348 aa  193  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.82 
 
 		 338 aa  186  4e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 348 aa  186  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3162  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 333 aa  184  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 346 aa  184  3e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.29 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 361 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2785  transcriptional regulator of LacI family protein  29.53 
 
 		 350 aa  183  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.544473  normal  0.623487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  35.24 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 333 aa  182  8.000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 342 aa  182  9.000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  34.62 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 336 aa  182  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.2 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.43 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.53 
 
 		 342 aa  180  4e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 351 aa  179  5.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.82 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 		 345 aa  179  8e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.62 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  36.94 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.53 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  35.15 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.44 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 333 aa  176  6e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.05 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.05 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.05 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.05 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.05 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.93 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0600  transcriptional regulator, LacI family  39.23 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0072  transcriptional regulator LacI family  35.69 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  38.55 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 332 aa  172  9e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.5 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.54 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  34.23 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  34.65 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 341 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.74 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3376  transcriptional regulator, LacI family  36.64 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.85 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.85 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.85 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.33 
 
 		 335 aa  169  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 335 aa  169  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.93 
 
 		 335 aa  169  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1875  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.79 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.398277  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.02 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2719  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.06 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0694395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.18 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  31.25 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6854  transcriptional regulator, LacI family  40.3 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000835434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>