More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0072 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0072  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 343 aa  677    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3162  transcriptional regulator, LacI family  77.58 
 
 		 342 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0600  transcriptional regulator, LacI family  56.57 
 
 		 332 aa  341  1e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3376  transcriptional regulator, LacI family  54.27 
 
 		 336 aa  325  1e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  36.06 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.56 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  38.02 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.45 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  37.04 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  37.05 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  38.51 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.9 
 
 		 339 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.25 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.45 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 336 aa  174  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 348 aa  172  7.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 346 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.12 
 
 		 334 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 346 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  36.14 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  31.82 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.24 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  33.03 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 		 355 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  32.73 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.85 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.42 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  36.94 
 
 		 343 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.64 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.73 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.15 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.93 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.12 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  32.33 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.63 
 
 		 331 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 343 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 343 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 391 aa  162  6e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  35.24 
 
 		 343 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  35.52 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  35.6 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  31.87 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 336 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  34.22 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.61 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  31.72 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  33.22 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4738  alanine racemase  36.12 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.62 
 
 		 339 aa  159  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 343 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  34.91 
 
 		 354 aa  159  8e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.43 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  30.28 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.63 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 340 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.03 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 353 aa  157  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.5 
 
 		 342 aa  157  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 357 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  29.88 
 
 		 352 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.83 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 346 aa  155  9e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  30.12 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  31 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  32.43 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>