More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1905 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 355 aa  716    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  81.5 
 
 		 365 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0343  LacI family transcription regulator  53.43 
 
 		 338 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0241073  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4738  alanine racemase  52.06 
 
 		 351 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  47.95 
 
 		 343 aa  308  8e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  51.54 
 
 		 324 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  47.6 
 
 		 342 aa  291  1e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  46.69 
 
 		 391 aa  289  4e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2785  transcriptional regulator of LacI family protein  34.78 
 
 		 350 aa  220  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.544473  normal  0.623487 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.73 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.13 
 
 		 336 aa  189  9e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.66 
 
 		 338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 347 aa  180  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 342 aa  179  8e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 337 aa  179  9e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  31.23 
 
 		 352 aa  176  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  37.03 
 
 		 350 aa  176  7e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0116  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 355 aa  172  5.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.47 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  35.96 
 
 		 368 aa  169  9e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.61 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.14 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  35.31 
 
 		 347 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.52 
 
 		 342 aa  166  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1875  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.12 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.398277  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2112  transcriptional regulator, LacI family  34.47 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.61 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  28.45 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.61 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  30.55 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 335 aa  162  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 338 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  28.28 
 
 		 344 aa  162  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 337 aa  162  9e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  31.74 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3140  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.636128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 344 aa  161  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  29.52 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 326 aa  161  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 346 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.63 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.19 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.19 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.06 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29 
 
 		 331 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.55 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 329 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  27.54 
 
 		 327 aa  159  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  30.38 
 
 		 323 aa  160  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.25 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  29.87 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3162  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 342 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  29.34 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.39 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 359 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  29.81 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1131  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.91 
 
 		 346 aa  158  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.016252  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.94 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.84 
 
 		 352 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>