More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4293 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  697    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  59.53 
 
 		 344 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  55.62 
 
 		 345 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  52.41 
 
 		 338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  46.25 
 
 		 350 aa  265  8.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  37.95 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  40.72 
 
 		 342 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  37 
 
 		 343 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  36.04 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 330 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.79 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  35.47 
 
 		 336 aa  212  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  37.65 
 
 		 339 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  39.35 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  39.18 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  37.13 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.87 
 
 		 352 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.95 
 
 		 343 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  35.62 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  38.54 
 
 		 334 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0183  transcriptional regulator, LacI family  35.37 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  36.54 
 
 		 328 aa  179  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  38.49 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  34.93 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  35.86 
 
 		 344 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  35.83 
 
 		 340 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.23 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  33.66 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  36.55 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.32 
 
 		 335 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0294  transcriptional regulator, LacI family  32.24 
 
 		 340 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 336 aa  169  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2850  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33670  LacI family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.647475  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.73 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.8 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.83 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  33.64 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.91 
 
 		 337 aa  164  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0245  LacI family transcription regulator  36.61 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 346 aa  162  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 391 aa  162  6e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.91 
 
 		 331 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 343 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31 
 
 		 338 aa  162  9e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5892  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.899736  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.72 
 
 		 368 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 343 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.88 
 
 		 328 aa  159  9e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.04 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  32.92 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  34.34 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 350 aa  156  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  34.59 
 
 		 340 aa  155  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 348 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 344 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  32.85 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 		 340 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.88 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.4 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 337 aa  152  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 339 aa  152  8e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 334 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  34.86 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.63 
 
 		 356 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.3 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.97 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.1 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3197  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  31.42 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  35.26 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>