More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3984 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  100 
 
 
339 aa  653    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  57.99 
 
 
339 aa  352  4e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  57.06 
 
 
335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  57.1 
 
 
340 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  58.82 
 
 
348 aa  334  1e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  55.52 
 
 
338 aa  333  2e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  54.71 
 
 
340 aa  331  1e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.89 
 
 
348 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  54.49 
 
 
331 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  54.19 
 
 
335 aa  302  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.1 
 
 
335 aa  299  4e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5334  transcriptional regulator, LacI family  58.26 
 
 
339 aa  296  3e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.431046 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  50.59 
 
 
343 aa  296  4e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  51.18 
 
 
344 aa  296  5e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  50.76 
 
 
343 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  50 
 
 
473 aa  280  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7169  transcriptional repressor RbsR  50.6 
 
 
331 aa  275  9e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0351473 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  49.26 
 
 
344 aa  274  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  48.95 
 
 
346 aa  269  5e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  49.7 
 
 
345 aa  266  2.9999999999999995e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08380  transcriptional regulator  49.37 
 
 
351 aa  255  8e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.689367  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4021  transcriptional regulator, LacI family  49.12 
 
 
350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613602  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  47.95 
 
 
361 aa  251  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  50.45 
 
 
338 aa  249  4e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  49.41 
 
 
343 aa  247  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  46.99 
 
 
351 aa  245  6e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  46.04 
 
 
349 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  43.86 
 
 
337 aa  240  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  46.08 
 
 
342 aa  238  1e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  44.28 
 
 
350 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13170  transcriptional regulator  46.29 
 
 
359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.362617  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  44.21 
 
 
338 aa  231  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  41.32 
 
 
337 aa  224  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  44.57 
 
 
357 aa  222  7e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3075  transcriptional regulator, LacI family  45.61 
 
 
338 aa  221  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.494184  normal  0.554684 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0403  transcriptional regulator, LacI family  43.92 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  40.36 
 
 
337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6684  transcriptional regulator, LacI family  45.86 
 
 
338 aa  212  7e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.594008 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2615  transcriptional regulator, LacI family  49.66 
 
 
337 aa  210  4e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  42.57 
 
 
351 aa  206  4e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 
340 aa  202  6e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  36.94 
 
 
334 aa  196  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 
341 aa  195  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 
386 aa  193  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1193  transcriptional regulator, LacI family  42.51 
 
 
335 aa  192  5e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  normal  0.122686 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 
332 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 
339 aa  189  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 
336 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 
353 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 
333 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 
333 aa  187  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20430  transcriptional regulator  41.72 
 
 
337 aa  187  3e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 
335 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  35.52 
 
 
331 aa  186  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.83 
 
 
337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  38.66 
 
 
335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.45 
 
 
336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 
342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 
333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0944  transcriptional regulator, LacI family  41.87 
 
 
334 aa  182  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.694443 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  38.99 
 
 
342 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.23 
 
 
335 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  35.4 
 
 
328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.38 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.38 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 
348 aa  179  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 
342 aa  180  4e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.86 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.86 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.86 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.86 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.86 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.86 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.86 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.86 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  34.03 
 
 
329 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 
339 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  39.05 
 
 
357 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.24 
 
 
337 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 
341 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 
341 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 
341 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 
341 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 
341 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  30.63 
 
 
333 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 
328 aa  176  5e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3330  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 
343 aa  176  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  0.198785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.2 
 
 
342 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.63 
 
 
335 aa  175  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.96 
 
 
347 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.52 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 
339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.93 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.84 
 
 
330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  37.01 
 
 
335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  37.71 
 
 
355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 
352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>