More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3140 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  706    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  53.98 
 
 		 344 aa  347  2e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  48.96 
 
 		 345 aa  311  9e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.25 
 
 		 342 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 338 aa  226  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 		 347 aa  212  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.76 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.76 
 
 		 343 aa  199  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  38.28 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 386 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  36.98 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  34.53 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 347 aa  177  4e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  34.55 
 
 		 330 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 343 aa  176  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  34.55 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  34.55 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  34.33 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  34.24 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  34.55 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  40.18 
 
 		 361 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  31.31 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  34.24 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  34.24 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  35.44 
 
 		 339 aa  170  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.73 
 
 		 334 aa  169  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 391 aa  169  9e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2219  transcriptional regulator, LacI family  36.44 
 
 		 343 aa  169  9e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000733875  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  36.05 
 
 		 339 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  35.1 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  29.66 
 
 		 336 aa  166  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 		 336 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  32 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.47 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  34.17 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 336 aa  164  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 335 aa  164  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.91 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  34.4 
 
 		 365 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.83 
 
 		 332 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 		 326 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29360  transcriptional regulator  35.88 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  32.83 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 342 aa  160  4e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  37.43 
 
 		 342 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  31.6 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  32.53 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  31.86 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.49 
 
 		 328 aa  159  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.73 
 
 		 352 aa  159  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.42 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.3 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.42 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  34.15 
 
 		 334 aa  159  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.61 
 
 		 331 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.21 
 
 		 334 aa  158  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.27 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 334 aa  158  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5892  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.899736  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 340 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  37.92 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0116  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 346 aa  156  4e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>