More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0612 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 343 aa  710    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  83.18 
 
 		 335 aa  585  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  77.08 
 
 		 336 aa  551  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  36.25 
 
 		 318 aa  220  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37 
 
 		 342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 345 aa  216  5e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 347 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  31.15 
 
 		 339 aa  195  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 340 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  32.41 
 
 		 340 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  32.41 
 
 		 340 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 342 aa  185  9e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  32.07 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  31.99 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  32.07 
 
 		 340 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.5 
 
 		 359 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.76 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 336 aa  169  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.72 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.02 
 
 		 351 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0294  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 350 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0183  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 334 aa  159  9e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 329 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0185  alanine racemase  31.38 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.93 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.93 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.93 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  31.9 
 
 		 334 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  31.74 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.61 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  28.14 
 
 		 332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 325 aa  146  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 340 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 336 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.01 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.61 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  30.15 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.44 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.37 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.13 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.49 
 
 		 333 aa  142  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.3 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.57 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.63 
 
 		 341 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1712  sucrose operon repressor  32.26 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.772811  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  29.05 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.13 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.57 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 338 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.48 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  29.75 
 
 		 323 aa  138  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 348 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.7 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.27 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 328 aa  136  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.2 
 
 		 336 aa  136  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 		 323 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  29.75 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  29.75 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  29.75 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.42 
 
 		 343 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>