More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_2354 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  693    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4583  transcriptional regulator, LacI family  76.7 
 
 		 343 aa  508  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0718425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5484  LacI family transcription regulator  67.06 
 
 		 345 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238485 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4929  LacI family transcription regulator  67.06 
 
 		 346 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33528  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4580  LacI family transcription regulator  65.88 
 
 		 351 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5204  LacI family transcription regulator  65.59 
 
 		 351 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.210784  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5655  LacI family transcription regulator  65.59 
 
 		 351 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  normal  0.330046 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3199  LacI family transcription regulator  66.18 
 
 		 338 aa  430  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.13351 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6022  LacI family transcription regulator  50.73 
 
 		 337 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4882  LacI family transcription regulator  49.86 
 
 		 337 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3283  LacI family transcription regulator  49.86 
 
 		 337 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6322  LacI family transcription regulator  50.15 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.78 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  38.66 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  38.24 
 
 		 347 aa  192  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  37.17 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  37.17 
 
 		 346 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.26 
 
 		 337 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  36.5 
 
 		 331 aa  186  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.09 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.62 
 
 		 331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 330 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 333 aa  182  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.92 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  34.82 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.86 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.24 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  37.18 
 
 		 340 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.82 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.43 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  34.08 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  35.85 
 
 		 339 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  35.57 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.54 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  32.29 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  34.08 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.99 
 
 		 340 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.76 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  33.76 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.76 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.97 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  34.08 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  34.22 
 
 		 333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  32.28 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  35.65 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.99 
 
 		 343 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.76 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.76 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.76 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.22 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.59 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.44 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.44 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.5 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  39.07 
 
 		 349 aa  169  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 343 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  35.22 
 
 		 333 aa  169  8e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  33.83 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  33.14 
 
 		 341 aa  169  9e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.92 
 
 		 332 aa  169  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 326 aa  169  9e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  33.86 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  37.69 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.9 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.94 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.09 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.85 
 
 		 341 aa  168  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.29 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  31.7 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.29 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.84 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  33.85 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.79 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>