More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1148 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  691    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  60.3 
 
 		 340 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  56.72 
 
 		 344 aa  383  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  57.14 
 
 		 334 aa  362  7.0000000000000005e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  46.97 
 
 		 343 aa  323  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  45.62 
 
 		 340 aa  300  2e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.08 
 
 		 348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.27 
 
 		 342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  38.14 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  36.56 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 354 aa  229  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 343 aa  229  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 		 340 aa  217  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  37.35 
 
 		 341 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  37.04 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 354 aa  205  8e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 344 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 339 aa  197  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.76 
 
 		 342 aa  196  6e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  33.73 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.29 
 
 		 343 aa  189  5.999999999999999e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.95 
 
 		 341 aa  186  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  34.22 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 353 aa  186  5e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 340 aa  182  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.03 
 
 		 335 aa  182  9.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.36 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.93 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.03 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 355 aa  176  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.23 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 346 aa  173  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.37 
 
 		 348 aa  172  9e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.44 
 
 		 349 aa  172  9e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 337 aa  172  9e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.23 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.02 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.73 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.73 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.73 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.73 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.73 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.73 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.73 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.73 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.53 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.04 
 
 		 333 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.99 
 
 		 336 aa  169  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.39 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.09 
 
 		 341 aa  168  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  32.29 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 391 aa  166  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.31 
 
 		 330 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  32.83 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 331 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.75 
 
 		 333 aa  165  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  29.72 
 
 		 356 aa  165  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.34 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.56 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1599  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 346 aa  163  3e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.33 
 
 		 338 aa  164  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  27.94 
 
 		 361 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 336 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.04 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.63 
 
 		 331 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.16 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  27.64 
 
 		 365 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  30.24 
 
 		 327 aa  162  5.0000000000000005e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.22 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  30.09 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  32.91 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.3 
 
 		 339 aa  162  9e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  28.23 
 
 		 348 aa  162  9e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1691  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0314799  normal  0.084893 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.16 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 339 aa  161  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>