More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0759 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 354 aa  716    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  97.18 
 
 		 354 aa  692    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  79.19 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1651  LacI family transcription regulator  78.32 
 
 		 347 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1651  LacI family transcription regulator  78.32 
 
 		 347 aa  529  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6349  LacI family transcription regulator  78.9 
 
 		 347 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1729  LacI family transcription regulator  78.9 
 
 		 347 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1743  LacI family transcription regulator  78.96 
 
 		 348 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79777  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0965  LacI family transcription regulator  72.83 
 
 		 347 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2285  LacI family transcription regulator  72.83 
 
 		 347 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2299  LacI family transcription regulator  72.91 
 
 		 347 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2093  LacI family transcription regulator  72.83 
 
 		 347 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2150  LacI family transcription regulator  72.83 
 
 		 347 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1529  LacI family transcription regulator  78.9 
 
 		 347 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.98616  normal  0.839967 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  67.69 
 
 		 360 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2275  transcriptional regulator, LacI family  67.04 
 
 		 362 aa  472  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.898622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  64.79 
 
 		 356 aa  461  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  43.99 
 
 		 344 aa  292  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  44.44 
 
 		 338 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  39.38 
 
 		 341 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  40.11 
 
 		 340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  42.61 
 
 		 340 aa  232  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  42.14 
 
 		 340 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  41.96 
 
 		 340 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  39.94 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  39.26 
 
 		 358 aa  223  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  40.8 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  41.09 
 
 		 339 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  40.52 
 
 		 376 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  41 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.17 
 
 		 338 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  41.6 
 
 		 361 aa  216  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 341 aa  182  9.000000000000001e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 338 aa  166  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 		 352 aa  159  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 346 aa  155  7e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.03 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.98 
 
 		 327 aa  147  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.86 
 
 		 333 aa  146  6e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 349 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.54 
 
 		 340 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.95 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.66 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.07 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.09 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7934  putative LacI-family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1574  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.6 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  32.15 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  30.34 
 
 		 343 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  31.29 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  30.77 
 
 		 356 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.81 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.59 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.43 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.96 
 
 		 338 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  25.66 
 
 		 333 aa  133  6e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 		 330 aa  132  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  29.89 
 
 		 368 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 339 aa  132  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  28.61 
 
 		 336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 343 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.38 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.36 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.55 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29.78 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  32.34 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 346 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  30.86 
 
 		 365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.23 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4620  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 349 aa  129  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  38.24 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4253  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 354 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  26.77 
 
 		 355 aa  129  9.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  32.85 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>