More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0292 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 341 aa  709    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 337 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 368 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  30.3 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 		 339 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  29.67 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.24 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 342 aa  166  5e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.22 
 
 		 348 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 353 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.38 
 
 		 340 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  29.73 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.58 
 
 		 333 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 340 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.5 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.17 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0498  LacI family transcription regulator  32.33 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0182598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 336 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.74 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.19 
 
 		 334 aa  159  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.65 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  29.64 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.91 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  27.99 
 
 		 391 aa  155  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  31.04 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.61 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.36 
 
 		 333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  30.24 
 
 		 343 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 346 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 346 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  28.74 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.4 
 
 		 352 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  29.94 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.02 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.36 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  30.36 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  29.73 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  29.94 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.56 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.36 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.36 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.63 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  30.61 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.28 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  30.61 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  30.61 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  31.97 
 
 		 343 aa  149  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 		 346 aa  149  9e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  29.97 
 
 		 332 aa  149  9e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  28.61 
 
 		 336 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  30.32 
 
 		 330 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.65 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.14 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.79 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  30.32 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.75 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  27.36 
 
 		 357 aa  146  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  27.99 
 
 		 376 aa  146  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  32.11 
 
 		 337 aa  146  6e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  29.24 
 
 		 347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  28.29 
 
 		 356 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  30.32 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  30.32 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.47 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2074  transcriptional regulator, LacI family  30.07 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0363  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  29.75 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  27.71 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  28.06 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  29.31 
 
 		 356 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  29.34 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>