More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5883 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 356 aa  707    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  65.91 
 
 		 356 aa  451  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5122  transcriptional regulator, LacI family  53.26 
 
 		 356 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.135885 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  52.63 
 
 		 356 aa  345  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  45.3 
 
 		 360 aa  292  6e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27690  transcriptional regulator  42.11 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  39 
 
 		 368 aa  232  6e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  40.17 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  36.02 
 
 		 347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  37.25 
 
 		 342 aa  216  7e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  38.35 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 348 aa  209  7e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 354 aa  209  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 		 346 aa  202  8e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.78 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  36.66 
 
 		 334 aa  200  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  37.18 
 
 		 336 aa  192  5e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 		 340 aa  192  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  36.71 
 
 		 337 aa  192  7e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 335 aa  189  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 		 336 aa  187  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 348 aa  186  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1599  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 346 aa  186  8e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  33.04 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 388 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  35.11 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  36.53 
 
 		 349 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  33.04 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  34.11 
 
 		 335 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 343 aa  179  8e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  34.9 
 
 		 331 aa  179  9e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  32.74 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  32.74 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  32.74 
 
 		 323 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  32.74 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  32.74 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  32.74 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  32.45 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1574  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 337 aa  176  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 333 aa  176  8e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  175  9e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.68 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  31.56 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  34.78 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 334 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.22 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.06 
 
 		 333 aa  169  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.22 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  30.2 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3559  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 339 aa  167  4e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.156963  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  32.57 
 
 		 354 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 346 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 359 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  31.32 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.53 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  29.68 
 
 		 336 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.12 
 
 		 331 aa  162  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 358 aa  162  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 343 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 331 aa  162  8.000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  30.88 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  33.62 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.57 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  29.82 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.37 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.79 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  32.67 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.34 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.79 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>