More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4121 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 343 aa  709    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  48.96 
 
 		 340 aa  359  4e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  48.66 
 
 		 344 aa  338  9.999999999999999e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  49.28 
 
 		 340 aa  336  2.9999999999999997e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.97 
 
 		 336 aa  323  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.86 
 
 		 342 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  45.26 
 
 		 334 aa  296  4e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  39.53 
 
 		 342 aa  275  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  41 
 
 		 340 aa  273  5.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  38.46 
 
 		 388 aa  257  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.76 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 344 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  38.01 
 
 		 354 aa  246  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  40.13 
 
 		 340 aa  245  9e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  37.01 
 
 		 343 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  39.46 
 
 		 354 aa  243  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 340 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  34.81 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  39.16 
 
 		 341 aa  231  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.62 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 340 aa  228  9e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 355 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 		 342 aa  224  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 341 aa  222  6e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  36.91 
 
 		 340 aa  222  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 337 aa  220  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  35.9 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 		 339 aa  218  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.12 
 
 		 348 aa  217  2.9999999999999998e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  34.12 
 
 		 343 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.13 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.77 
 
 		 333 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  36.77 
 
 		 333 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.93 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 339 aa  210  3e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 349 aa  209  5e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 		 346 aa  203  4e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 386 aa  202  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.72 
 
 		 335 aa  202  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.08 
 
 		 343 aa  201  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.12 
 
 		 335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.36 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 		 342 aa  200  3e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 355 aa  200  3.9999999999999996e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.42 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 339 aa  199  7e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.56 
 
 		 342 aa  199  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.74 
 
 		 330 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.41 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.05 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.83 
 
 		 338 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.18 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.18 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.18 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.18 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.18 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.18 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.18 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.42 
 
 		 335 aa  196  6e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.53 
 
 		 331 aa  195  9e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.64 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  34.45 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.64 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.42 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  34.02 
 
 		 338 aa  192  5e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 391 aa  192  6e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 333 aa  192  8e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  35.06 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  35.06 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  33.33 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 327 aa  190  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  33.03 
 
 		 332 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.02 
 
 		 334 aa  190  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.74 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 344 aa  189  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  31.04 
 
 		 339 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  32.41 
 
 		 341 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>