More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2268 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  699    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  57.61 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  42.47 
 
 		 337 aa  278  8e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  37.19 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  36.22 
 
 		 355 aa  189  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.86 
 
 		 341 aa  187  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  35.87 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 344 aa  176  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  34.18 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 342 aa  172  7.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 340 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  30.89 
 
 		 354 aa  162  9e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.55 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  28.8 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  31.85 
 
 		 343 aa  159  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.12 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  27.14 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 344 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.38 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  30.37 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.93 
 
 		 333 aa  149  8e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.4 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.3 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.13 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.13 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.13 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.87 
 
 		 342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.13 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.13 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.13 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.87 
 
 		 342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.13 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  32 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  31.4 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.99 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  28.31 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 		 388 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  30.19 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  28.14 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  31.37 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.5 
 
 		 336 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.96 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  29.02 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 334 aa  142  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  27.93 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.45 
 
 		 331 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  28.16 
 
 		 356 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.32 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.33 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  27.07 
 
 		 336 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  27.76 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.23 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.48 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.39 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.31 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  27.93 
 
 		 351 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 343 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0420  LacI family transcription regulator  30.99 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130171  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  29.49 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  27.94 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  27.33 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  30.28 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  25.3 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0416  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  27.41 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4341  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  33.99 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>