More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0524 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  100 
 
 
339 aa  667    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  86.9 
 
 
344 aa  579  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  55.12 
 
 
339 aa  331  1e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 
348 aa  202  7e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 
355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 
337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  38.25 
 
 
333 aa  196  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  38.05 
 
 
340 aa  194  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.65 
 
 
330 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  39.16 
 
 
338 aa  194  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.99 
 
 
335 aa  192  8e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  39.27 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.38 
 
 
335 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  40.72 
 
 
338 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 
382 aa  189  9e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  35.69 
 
 
335 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.2 
 
 
352 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 
335 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  36.47 
 
 
338 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  38.21 
 
 
353 aa  186  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  37.43 
 
 
367 aa  185  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  33.23 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 
341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 
335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.52 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.55 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  38.74 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 
341 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 
341 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 
341 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 
341 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 
341 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  40 
 
 
353 aa  184  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  39.47 
 
 
330 aa  183  3e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.23 
 
 
332 aa  184  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 
337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.93 
 
 
332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.23 
 
 
332 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.23 
 
 
332 aa  182  6e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  34.44 
 
 
337 aa  182  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 
336 aa  182  7e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.72 
 
 
335 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 
342 aa  182  9.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.93 
 
 
332 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.93 
 
 
332 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.93 
 
 
332 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.93 
 
 
332 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.93 
 
 
332 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 
339 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 
336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 
335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.31 
 
 
335 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  36.12 
 
 
332 aa  179  5.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.21 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  34.21 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  34.21 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 
341 aa  179  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 
343 aa  179  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  38.46 
 
 
342 aa  179  9e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 
343 aa  179  9e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.52 
 
 
340 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 
341 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.8 
 
 
341 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.92 
 
 
342 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.58 
 
 
347 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
336 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  33.83 
 
 
337 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 
338 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.62 
 
 
341 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.04 
 
 
332 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 
339 aa  176  4e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.62 
 
 
342 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.62 
 
 
342 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 
339 aa  176  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.33 
 
 
337 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 
342 aa  176  5e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.6 
 
 
341 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  38.79 
 
 
323 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.82 
 
 
330 aa  175  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 
341 aa  175  9e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  38.69 
 
 
359 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.82 
 
 
340 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  34.6 
 
 
341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.23 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  34.34 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  37.18 
 
 
361 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.27 
 
 
346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  34.14 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.74 
 
 
343 aa  173  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 
336 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>