More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4307 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 343 aa  714    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  60.06 
 
 		 339 aa  426  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  54.87 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  37.8 
 
 		 343 aa  246  4.9999999999999997e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  35.4 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 340 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  34.81 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 341 aa  228  8e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.17 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 342 aa  228  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 388 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  37.93 
 
 		 355 aa  220  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  35.02 
 
 		 340 aa  219  5e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 		 344 aa  219  6e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.93 
 
 		 347 aa  218  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 354 aa  206  7e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.83 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  34.52 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.23 
 
 		 336 aa  194  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.64 
 
 		 348 aa  193  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.05 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 339 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 337 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.89 
 
 		 331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.85 
 
 		 333 aa  182  7e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.43 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 346 aa  180  4e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.93 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.23 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.63 
 
 		 343 aa  176  7e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.63 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 353 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  30.63 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.17 
 
 		 341 aa  172  9e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  34.21 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 361 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.63 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.09 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  27.67 
 
 		 353 aa  166  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.63 
 
 		 331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  32.04 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 341 aa  164  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 386 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 329 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 336 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.73 
 
 		 356 aa  162  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0550  LacI family transcription regulator  28.99 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.27 
 
 		 347 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  27.88 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.84 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.54 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.12 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.849116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 335 aa  159  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.55 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  28.94 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  28.45 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.55 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  29.2 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.24 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  29.61 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  30.29 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  29.04 
 
 		 352 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 334 aa  155  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>