More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1151 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  706    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.89 
 
 		 342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 340 aa  230  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 		 340 aa  225  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  36.99 
 
 		 388 aa  225  9e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 354 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 342 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.43 
 
 		 342 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 354 aa  215  9e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  37.34 
 
 		 355 aa  206  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  37.26 
 
 		 340 aa  206  7e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 344 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  33.82 
 
 		 343 aa  199  6e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2945  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.4 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.884709 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  33.67 
 
 		 340 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.13 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 340 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.82 
 
 		 341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 335 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.36 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.55 
 
 		 343 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.55 
 
 		 343 aa  176  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.55 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  32.84 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  34.41 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  33.97 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 343 aa  172  9e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.59 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.59 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.23 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  30.54 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.84 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  30.47 
 
 		 338 aa  168  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  29.04 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  28.94 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.04 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.02 
 
 		 348 aa  167  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  30.3 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 346 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  28.99 
 
 		 334 aa  162  9e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 348 aa  162  9e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  30.92 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30.92 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  30.92 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.56 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.92 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.79 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.59 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.62 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.14 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  28.32 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.59 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.93 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.91 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.36 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.25 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.36 
 
 		 356 aa  158  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.49 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.36 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.93 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  30.26 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  30.26 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 343 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.33 
 
 		 337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>