More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5512 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 340 aa  692    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  60.3 
 
 		 336 aa  416  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  55.92 
 
 		 344 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  49.28 
 
 		 343 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  50.6 
 
 		 334 aa  330  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  50 
 
 		 340 aa  315  8e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.86 
 
 		 348 aa  310  2e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.52 
 
 		 342 aa  255  6e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  40.18 
 
 		 340 aa  246  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  38.82 
 
 		 388 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  43.08 
 
 		 354 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  36.23 
 
 		 344 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05070  putative LacI-family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 339 aa  227  2e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.697537  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 354 aa  225  7e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5093  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 		 343 aa  225  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.225066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 339 aa  219  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  37.66 
 
 		 340 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.52 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.85 
 
 		 355 aa  209  4e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.03 
 
 		 342 aa  206  4e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.26 
 
 		 344 aa  206  7e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 		 343 aa  205  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1615  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.62 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.820009  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.51 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1404  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.1 
 
 		 343 aa  203  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00377783  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  33.64 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6639  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 		 337 aa  202  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 		 355 aa  199  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1990  alanine racemase  32.84 
 
 		 343 aa  198  9e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 337 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 340 aa  196  7e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 341 aa  195  9e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06445  LacI family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 342 aa  192  6e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 		 339 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 336 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7004  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.93 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3542  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 335 aa  188  9e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.21 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.94 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  34.17 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.94 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.94 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3761  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.22 
 
 		 338 aa  186  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.193562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 334 aa  185  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 338 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  33.72 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 386 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  33.65 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  29.91 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.39 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 		 333 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.23 
 
 		 331 aa  182  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  33.12 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 330 aa  182  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  32.81 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.64 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0455476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.24 
 
 		 331 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.07 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.07 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.07 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.07 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.07 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  31.78 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  31.85 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.04 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.07 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.58 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>