More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00486 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 
331 aa  661    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  79.94 
 
 
337 aa  520  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  66.87 
 
 
328 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  64.81 
 
 
341 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  61.89 
 
 
335 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  63.58 
 
 
358 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3107  transcriptional regulator, LacI family  57.45 
 
 
331 aa  343  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2860  putative transcription regulation repressor transcription regulator protein  56.88 
 
 
329 aa  342  7e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2742  transcriptional regulator, LacI family  56.84 
 
 
331 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0297688  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  50.45 
 
 
333 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  50.46 
 
 
334 aa  315  6e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  52.28 
 
 
334 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.28 
 
 
334 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  52.12 
 
 
347 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4253  LacI family transcription regulator  47.84 
 
 
354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 
347 aa  228  8e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 
326 aa  220  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.16 
 
 
352 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  39.45 
 
 
336 aa  205  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.29 
 
 
356 aa  196  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  38.23 
 
 
334 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  36.94 
 
 
334 aa  193  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 
342 aa  193  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.78 
 
 
349 aa  192  8e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 
346 aa  189  4e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 
355 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
338 aa  188  9e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 
334 aa  188  9e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  36.59 
 
 
348 aa  188  9e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  36.5 
 
 
331 aa  188  9e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 
353 aa  187  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  36.33 
 
 
332 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 
336 aa  186  6e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.82 
 
 
335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  37.01 
 
 
343 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  37.01 
 
 
343 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  37.01 
 
 
343 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  37.01 
 
 
343 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  35.58 
 
 
326 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 
333 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  32.34 
 
 
332 aa  180  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 
337 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
343 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  32.34 
 
 
332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  34.39 
 
 
356 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 
340 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  36.01 
 
 
343 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  36.59 
 
 
339 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  35.28 
 
 
323 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.66 
 
 
346 aa  178  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  35.28 
 
 
323 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.9 
 
 
356 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  36.28 
 
 
339 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  34.97 
 
 
323 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 
342 aa  177  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  36.64 
 
 
337 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.15 
 
 
323 aa  177  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.66 
 
 
323 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 
342 aa  176  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 
344 aa  176  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
340 aa  175  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 
339 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  36.28 
 
 
339 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  32.91 
 
 
338 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.66 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.66 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.66 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.66 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  35.31 
 
 
368 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.48 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.36 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  35.44 
 
 
330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.03 
 
 
332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 
333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.64 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.03 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.93 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.63 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 
339 aa  172  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  35.22 
 
 
337 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.02 
 
 
332 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 
337 aa  172  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 
346 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 
335 aa  172  6.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 
346 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  34.36 
 
 
323 aa  172  9e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 
349 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  32.73 
 
 
332 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  32.73 
 
 
332 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 
329 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.73 
 
 
332 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.02 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  35.06 
 
 
336 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>