More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5553 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 356 aa  714    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.91 
 
 		 356 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  54.21 
 
 		 356 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5122  transcriptional regulator, LacI family  54.39 
 
 		 356 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.958101  normal  0.135885 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  47.55 
 
 		 360 aa  298  7e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  42.38 
 
 		 368 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27690  transcriptional regulator  42.32 
 
 		 361 aa  247  2e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  39.42 
 
 		 353 aa  232  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  39.71 
 
 		 365 aa  230  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  39.13 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  35.45 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 340 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.44 
 
 		 330 aa  207  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 335 aa  202  8e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.13 
 
 		 352 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.96 
 
 		 348 aa  197  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.29 
 
 		 349 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.75 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1599  LacI family transcription regulator  31.7 
 
 		 346 aa  192  5e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 388 aa  192  9e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  36.78 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  36.39 
 
 		 334 aa  186  7e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.78 
 
 		 355 aa  185  9e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3654  LacI family transcription regulator  34.37 
 
 		 354 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.02 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  34.39 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.31 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 333 aa  182  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  34.31 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.31 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.31 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.02 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  34.02 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  34.02 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  33.72 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 334 aa  179  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  35.73 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  30.51 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  32.06 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  34.39 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  34.03 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.65 
 
 		 331 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 339 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  31.9 
 
 		 340 aa  172  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  32.06 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  35.99 
 
 		 349 aa  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1812  LacI family transcription regulator  32.37 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000564911  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  33.43 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 386 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  34.29 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  33.04 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.68 
 
 		 334 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  31.01 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  32.2 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 344 aa  169  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  32.74 
 
 		 332 aa  169  9e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  28.78 
 
 		 344 aa  169  9e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.14 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.14 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.33 
 
 		 333 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.68 
 
 		 339 aa  166  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  34.49 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 337 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.17 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3107  transcriptional regulator, LacI family  36.52 
 
 		 331 aa  166  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.14 
 
 		 338 aa  166  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 368 aa  165  9e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.05 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.88 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 326 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  33.96 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.72 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2742  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0297688  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.25 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>