More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2742 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3107  transcriptional regulator, LacI family  98.18 
 
 		 331 aa  637    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2742  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 331 aa  652    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0297688  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2860  putative transcription regulation repressor transcription regulator protein  89.06 
 
 		 329 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  62.88 
 
 		 358 aa  386  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  61.63 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  59.52 
 
 		 333 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  58.9 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  57.36 
 
 		 337 aa  364  1e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  56.84 
 
 		 331 aa  352  5e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  55.83 
 
 		 328 aa  332  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  53.99 
 
 		 347 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  54.13 
 
 		 334 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.13 
 
 		 334 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  51.53 
 
 		 334 aa  308  6.999999999999999e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4253  LacI family transcription regulator  53.25 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  41.54 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  42.81 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  40.62 
 
 		 331 aa  207  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  42.63 
 
 		 336 aa  203  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.58 
 
 		 352 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.71 
 
 		 356 aa  195  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  38.97 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  39.63 
 
 		 330 aa  189  7e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 342 aa  187  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  40.42 
 
 		 348 aa  186  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.05 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  36.68 
 
 		 356 aa  185  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  38.3 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 		 347 aa  182  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.06 
 
 		 338 aa  182  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  34.95 
 
 		 323 aa  182  6e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.72 
 
 		 342 aa  182  7e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 323 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  34.74 
 
 		 338 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 344 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  34.65 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  37.06 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  34.65 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.83 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.35 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.65 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.65 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.65 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  36.18 
 
 		 334 aa  180  4e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 330 aa  178  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  34.53 
 
 		 323 aa  178  9e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  36.18 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 		 333 aa  176  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.5 
 
 		 338 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  36.9 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.53 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 344 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  37.18 
 
 		 365 aa  176  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 346 aa  176  7e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  35 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.92 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.94 
 
 		 337 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  35.56 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.93 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  35.78 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.55 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  35.78 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  35.78 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.93 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.93 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  33.93 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 333 aa  172  7.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 342 aa  172  9e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.63 
 
 		 332 aa  172  9e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  33.96 
 
 		 337 aa  172  9e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.33 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.63 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  38.1 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.64 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.09 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  33.73 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.86 
 
 		 355 aa  170  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.63 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.63 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  36.87 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  35.33 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  33.73 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  33.64 
 
 		 337 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 340 aa  169  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 337 aa  169  7e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.63 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>