More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2900 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 341 aa  697    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  67.86 
 
 		 340 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  67.56 
 
 		 340 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  66.67 
 
 		 340 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  65.48 
 
 		 339 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  63.42 
 
 		 340 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  64.29 
 
 		 339 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  64.29 
 
 		 339 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  48.96 
 
 		 361 aa  296  3e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  43.11 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  41.79 
 
 		 338 aa  269  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  40.97 
 
 		 358 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  39 
 
 		 376 aa  242  7.999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.21 
 
 		 338 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1651  LacI family transcription regulator  41.13 
 
 		 347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  42.41 
 
 		 356 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  39.38 
 
 		 354 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 354 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1651  LacI family transcription regulator  41.13 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  40.48 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  39 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0965  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2285  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2299  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2093  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2150  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6349  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 347 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1729  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 347 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2275  transcriptional regulator, LacI family  38.57 
 
 		 362 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.898622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1743  LacI family transcription regulator  39.89 
 
 		 348 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79777  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  39.66 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1529  LacI family transcription regulator  40.23 
 
 		 347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.98616  normal  0.839967 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 347 aa  182  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 		 338 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.13 
 
 		 352 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.65 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  33.13 
 
 		 335 aa  169  9e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  34.35 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.03 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  30.86 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  32.23 
 
 		 368 aa  165  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  28.88 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.81 
 
 		 356 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.94 
 
 		 336 aa  162  7e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 334 aa  161  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  32.95 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  31.75 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  30.84 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.75 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.25 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  30.84 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.45 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  30.54 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  30.84 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  31.45 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  31.45 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  31.45 
 
 		 332 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  31.96 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.95 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.77 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  30.54 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  30.54 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  31.1 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.99 
 
 		 334 aa  153  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  30.47 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.09 
 
 		 331 aa  152  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.11 
 
 		 333 aa  152  8.999999999999999e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.38 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  27.07 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 354 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  30.38 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.51 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  32.34 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  32.24 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  29.46 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.06 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.37 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.27 
 
 		 338 aa  149  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>