More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3412 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 342 aa  690    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  65.88 
 
 		 358 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  66.08 
 
 		 376 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  42.6 
 
 		 338 aa  276  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  41.49 
 
 		 344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  43.28 
 
 		 340 aa  258  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  42.69 
 
 		 340 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  42.86 
 
 		 340 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  42.43 
 
 		 340 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  43.32 
 
 		 347 aa  242  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  40.77 
 
 		 341 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  41.25 
 
 		 339 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  40.92 
 
 		 356 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  41.3 
 
 		 354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  40.36 
 
 		 339 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  40.36 
 
 		 339 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  41 
 
 		 354 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2299  LacI family transcription regulator  41.81 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1651  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0965  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2285  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2093  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2150  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1651  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1743  LacI family transcription regulator  42.14 
 
 		 348 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79777  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6349  LacI family transcription regulator  42.73 
 
 		 347 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1729  LacI family transcription regulator  42.73 
 
 		 347 aa  226  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  39.77 
 
 		 361 aa  222  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1529  LacI family transcription regulator  41.54 
 
 		 347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.98616  normal  0.839967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2275  transcriptional regulator, LacI family  39.66 
 
 		 362 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.898622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  39.71 
 
 		 360 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.22 
 
 		 338 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 349 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 330 aa  172  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.94 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0407  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.210448  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0403  GalR family transcription regulator  28.79 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625005  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.71 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.82 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 		 352 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 346 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  26.27 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  31.74 
 
 		 334 aa  152  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 347 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  33.72 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.43 
 
 		 338 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.93 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  30.25 
 
 		 338 aa  149  7e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 333 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  30.93 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 342 aa  149  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  31.99 
 
 		 356 aa  149  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.41 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.93 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.93 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.93 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.93 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.41 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.63 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.63 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.7 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.63 
 
 		 323 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  31.21 
 
 		 338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  31.3 
 
 		 368 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  30.63 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.56 
 
 		 333 aa  145  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.45 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 		 345 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1668  LacI family transcription regulator  27.76 
 
 		 335 aa  144  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012495  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.57 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0484  LacI family transcription regulator  29.85 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  32.73 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.76 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.32 
 
 		 356 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 		 326 aa  142  8e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  24.7 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 346 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.25 
 
 		 336 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  32.6 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>