More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0484 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0484  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  689    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  32.43 
 
 		 344 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  31.64 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0407  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 337 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.210448  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.93 
 
 		 327 aa  151  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0403  GalR family transcription regulator  30.84 
 
 		 337 aa  150  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625005  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.12 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0498  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 325 aa  145  8.000000000000001e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0182598  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  27.71 
 
 		 339 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  28.49 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  27.25 
 
 		 340 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  28.49 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.31 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 348 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  27.33 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1668  LacI family transcription regulator  28.06 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  26.65 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  28.4 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  26.84 
 
 		 376 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 342 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  26.71 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  26.95 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  26.19 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  26.81 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  27.38 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  27.3 
 
 		 349 aa  132  6.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 334 aa  132  7.999999999999999e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  28.32 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2860  putative transcription regulation repressor transcription regulator protein  28.43 
 
 		 329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  26.95 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  27.93 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.3 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  28.21 
 
 		 341 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  28.18 
 
 		 337 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2710  regulatory protein, LacI  29.67 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91732  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 347 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  26.36 
 
 		 339 aa  129  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 330 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  27.03 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9131  transcriptional regulator LacI family  28.75 
 
 		 356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  28.74 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  29.17 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  28.74 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  29.17 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  29.17 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4042  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.12 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0794  LacI family transcription regulator  27.07 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0417873  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  26.51 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  28.53 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  28.87 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  28.66 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  28.66 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.53 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.47 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  28.66 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  27.39 
 
 		 333 aa  125  7e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  26.59 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0058  LacI family transcription regulator  27.76 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  28.34 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  28.44 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  28.24 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  28.34 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  26.74 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0012  transcriptional regulator, LacI family  28.1 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.294496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  28.34 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  28.34 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  27.69 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  26.28 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.62 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.29 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.95 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.75 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  27.83 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  26.24 
 
 		 345 aa  123  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.59 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27 
 
 		 347 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  26.92 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  25.38 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.06 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4253  LacI family transcription regulator  26.53 
 
 		 354 aa  122  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.54 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  27.71 
 
 		 347 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  28.24 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  28.03 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  27.97 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  26.61 
 
 		 341 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>