More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2860 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2860  putative transcription regulation repressor transcription regulator protein  100 
 
 		 329 aa  648    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2742  transcriptional regulator, LacI family  89.06 
 
 		 331 aa  534  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0297688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3107  transcriptional regulator, LacI family  88.45 
 
 		 331 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  62.54 
 
 		 335 aa  394  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  62.96 
 
 		 358 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  60.3 
 
 		 333 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  59.57 
 
 		 341 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  58.02 
 
 		 337 aa  373  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  56.88 
 
 		 331 aa  355  7.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  57.1 
 
 		 328 aa  339  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  53.05 
 
 		 347 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  50.15 
 
 		 334 aa  309  4e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  52.91 
 
 		 334 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.6 
 
 		 334 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4253  LacI family transcription regulator  55.42 
 
 		 354 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  42.31 
 
 		 347 aa  237  2e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  40.92 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  41.54 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.06 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  39.7 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  42.59 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 348 aa  192  8e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40 
 
 		 356 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 		 342 aa  189  5e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  38.72 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.12 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  36.75 
 
 		 356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  37.31 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 332 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 		 329 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.36 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  34.97 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.39 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  34.66 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  34.66 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  34.66 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 330 aa  176  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  34.36 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  34.66 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  34.66 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  38.18 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.86 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  34.04 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  34.36 
 
 		 323 aa  176  7e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.62 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.55 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.11 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  36.83 
 
 		 336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.89 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1599  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.73 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.72 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  37 
 
 		 342 aa  172  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.99 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  34.05 
 
 		 323 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.72 
 
 		 332 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  34.86 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  35.03 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  33.96 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  32.9 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.33 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  35.94 
 
 		 365 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 339 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.14 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.56 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.57 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  34.98 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.6 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.48 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.95 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  34.86 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.31 
 
 		 340 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.84 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 355 aa  165  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  39.09 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.46 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.23 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>