More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9131 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9131  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 356 aa  718    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897881  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4573  LacI family transcription regulator  41.35 
 
 		 350 aa  249  5e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0120  LacI family transcription regulator  41.19 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6994  LacI family transcription regulator  38.84 
 
 		 359 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0983  ribose operon repressor, putative  38.26 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1311  LacI family transcription regulator  37.43 
 
 		 356 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5770  LacI family transcription regulator  36.99 
 
 		 361 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4534  LacI family transcription regulator  36.99 
 
 		 357 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.904098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3834  LacI family transcription regulator  36.99 
 
 		 361 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.799833  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.95 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.86 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  37.13 
 
 		 342 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.77 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.4 
 
 		 340 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.4 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.78 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  39.31 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.7 
 
 		 347 aa  176  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 355 aa  172  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  36.07 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.66 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.5 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.52 
 
 		 349 aa  169  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.56 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  38.24 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  33.43 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  34.4 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  29.65 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 339 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.88 
 
 		 331 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.52 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.4 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.3 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.9 
 
 		 353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.62 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4188  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.319231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.23 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1245  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  31.87 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 353 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  32.27 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1186  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0999  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1002  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  33.98 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1086  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  34.38 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1118  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1164  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0837  alanine racemase  29.65 
 
 		 337 aa  164  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  30.66 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  32.87 
 
 		 343 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.76 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 329 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.18 
 
 		 338 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.43 
 
 		 376 aa  162  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 336 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.9 
 
 		 346 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  30.03 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.17 
 
 		 334 aa  162  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0347  transcriptional regulator, LacI family  35.85 
 
 		 347 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.47 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  34.11 
 
 		 347 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  32.56 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.9 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  32.56 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  34.88 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.47 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  30.47 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  31.99 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.47 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.38 
 
 		 328 aa  159  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.47 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.95 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  29.74 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 347 aa  159  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  28.9 
 
 		 331 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  32.38 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>