More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0403 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0407  LacI family transcription regulator  98.52 
 
 		 337 aa  674    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.210448  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0403  GalR family transcription regulator  100 
 
 		 337 aa  682    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625005  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  46.53 
 
 		 333 aa  300  3e-80  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0012  transcriptional regulator, LacI family  37.27 
 
 		 332 aa  216  5e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.294496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  37.97 
 
 		 341 aa  182  7e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  30.38 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1668  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012495  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  30.09 
 
 		 376 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  29.94 
 
 		 338 aa  169  6e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0498  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 		 325 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0182598  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  29.49 
 
 		 349 aa  159  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0794  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 339 aa  159  8e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0417873  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.7 
 
 		 338 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  28.79 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0484  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 335 aa  150  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  28.36 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  30.67 
 
 		 337 aa  146  6e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  26.97 
 
 		 340 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.77 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  28.7 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  26.67 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  27.81 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  26.36 
 
 		 340 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  28.7 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  27.24 
 
 		 356 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.6 
 
 		 329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  27.38 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  27.11 
 
 		 340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.77 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  28.43 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  25.66 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.12 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  28.71 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  27.92 
 
 		 346 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  27.13 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1892  transcriptional regulator, LacI family  30.58 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.85 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  25.45 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  28.23 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9131  transcriptional regulator LacI family  28.05 
 
 		 356 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897881  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0965  LacI family transcription regulator  26.63 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2285  LacI family transcription regulator  26.63 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.86 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2093  LacI family transcription regulator  26.63 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2150  LacI family transcription regulator  26.63 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.88 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  25.52 
 
 		 347 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  26.69 
 
 		 360 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 		 356 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.29 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 333 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0262  regulatory protein LacI  29.62 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0256  regulatory protein, LacI  29.62 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  24.62 
 
 		 354 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  27.17 
 
 		 365 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  26.11 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  25.89 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  26.19 
 
 		 346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.43 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0669  LacI family sucrose operon repressor  27.88 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  28 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  25.84 
 
 		 360 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  28.25 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2710  regulatory protein, LacI  28.4 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91732  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  26.36 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  28.4 
 
 		 327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  25.8 
 
 		 347 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0918  sucrose operon repressor  27.56 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 348 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  28.21 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0719  sucrose operon repressor  27.56 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0755  sucrose operon repressor  27.56 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  26.91 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  28.94 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  26.18 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0811  sucrose operon repressor  27.56 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2299  LacI family transcription regulator  25.8 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  31.13 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  26.73 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>