More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3380 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  100 
 
 		 339 aa  682    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  94.69 
 
 		 339 aa  646    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  99.71 
 
 		 339 aa  679    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  87.83 
 
 		 340 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  73.8 
 
 		 340 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  72.89 
 
 		 340 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  72.59 
 
 		 340 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  64.29 
 
 		 341 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  50.3 
 
 		 361 aa  295  5e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  45.32 
 
 		 338 aa  283  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  44.41 
 
 		 344 aa  283  4.0000000000000003e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.7 
 
 		 338 aa  247  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  42.43 
 
 		 358 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  41.72 
 
 		 376 aa  235  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  41.95 
 
 		 354 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  40.36 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  41.09 
 
 		 354 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  42.65 
 
 		 356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  40.92 
 
 		 347 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1651  LacI family transcription regulator  40.63 
 
 		 347 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1651  LacI family transcription regulator  40.63 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2299  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 		 347 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0965  LacI family transcription regulator  39.49 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2285  LacI family transcription regulator  39.49 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2093  LacI family transcription regulator  39.49 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2150  LacI family transcription regulator  39.49 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1529  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 347 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.98616  normal  0.839967 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6349  LacI family transcription regulator  40.11 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1729  LacI family transcription regulator  40.11 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1743  LacI family transcription regulator  39.66 
 
 		 348 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79777  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2275  transcriptional regulator, LacI family  38.4 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.898622  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.1 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  32.19 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 337 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  36.34 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  35.22 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 342 aa  165  9e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  33.33 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.95 
 
 		 356 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  31.33 
 
 		 335 aa  162  7e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  34.36 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.93 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  33.91 
 
 		 353 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.7 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9131  transcriptional regulator LacI family  32.56 
 
 		 356 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897881  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  32.3 
 
 		 356 aa  155  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.33 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 348 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.96 
 
 		 336 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.74 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.63 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  31.63 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  31.63 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  31.33 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  31.63 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  31.21 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.17 
 
 		 376 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  30.33 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  32.28 
 
 		 354 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  34.02 
 
 		 326 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  31.33 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  31.33 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  32.16 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.44 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 346 aa  149  6e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.61 
 
 		 334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 331 aa  146  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 		 352 aa  145  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.22 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0484  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.41 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0403  GalR family transcription regulator  28.7 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625005  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  26.35 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.82 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  31.34 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.57 
 
 		 337 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>