More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0673 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0673  regulatory protein, LacI  100 
 
 		 341 aa  676    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.371597  normal  0.192843 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3841  regulatory protein LacI  52.54 
 
 		 332 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.627459 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4014  regulatory protein LacI:Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.27 
 
 		 335 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0637146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3954  regulatory protein LacI  44.27 
 
 		 335 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.226118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3832  regulatory protein LacI:Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.89 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0370934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3845  transcriptional regulator, LacI-family  44.58 
 
 		 335 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.587178  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3910  regulatory protein LacI:Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.96 
 
 		 335 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.83437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4528  LacI family transcription regulator  46.67 
 
 		 360 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4733  transcriptional regulator, LacI family  38.44 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.396374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0809  transcriptional regulator, LacI family  32.55 
 
 		 349 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2555  transcriptional regulator, LacI family  36.87 
 
 		 369 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.679604  normal  0.216267 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3847  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0989  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 342 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2322  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 357 aa  125  7e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.131448  normal  0.0414369 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1554  LacI family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 325 aa  115  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 331 aa  113  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  32.66 
 
 		 351 aa  112  8.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  32.24 
 
 		 361 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.43 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4547  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 473 aa  110  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6174  transcriptional regulator, LacI-family  28.02 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.345814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4925  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 358 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  33.98 
 
 		 344 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2405  LacI family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.475476 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1296  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5334  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.431046 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7169  transcriptional repressor RbsR  30.65 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0351473 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  28.57 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  30.94 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  29.28 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  27.61 
 
 		 386 aa  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3513  LacI family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 337 aa  102  9e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.390726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  25.99 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0909  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 375 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  29.73 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3601  transcriptional regulator, LacI family  31.13 
 
 		 358 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0229751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4583  transcriptional regulator, LacI family  33.05 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0718425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 341 aa  97.1  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.35 
 
 		 333 aa  97.1  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 349 aa  97.1  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.73 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 339 aa  97.1  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.14 
 
 		 336 aa  96.7  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0408  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 335 aa  96.7  6e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 340 aa  96.3  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 337 aa  96.3  7e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  29.37 
 
 		 327 aa  95.9  8e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 339 aa  95.9  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  24.93 
 
 		 332 aa  95.9  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  30.73 
 
 		 345 aa  94.4  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  30.92 
 
 		 348 aa  94.7  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  26.42 
 
 		 346 aa  94.7  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0508  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 351 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000735974 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0436  catabolite control protein A  26.62 
 
 		 346 aa  94  3e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000109706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 		 344 aa  94  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1259  alanine racemase  25.07 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1119  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140598 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 355 aa  93.2  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4158  alanine racemase  29.75 
 
 		 416 aa  93.6  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626127  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3659  transcriptional regulator, LacI family  30.34 
 
 		 343 aa  93.2  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 338 aa  92.8  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  28.23 
 
 		 337 aa  92.8  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.82 
 
 		 334 aa  92.8  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.37 
 
 		 336 aa  92.8  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 336 aa  92.8  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.6 
 
 		 335 aa  92.8  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14780  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 355 aa  92.4  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.684849  normal  0.111834 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 336 aa  92.4  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6905  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 334 aa  92.4  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00908765  hitchhiker  0.00367965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  27.14 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1038  Alanine racemase  30.83 
 
 		 351 aa  92  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.255953  normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  29.25 
 
 		 346 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4934  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 336 aa  92  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.129155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1014  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.96 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  25.95 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 346 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 		 335 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  27.06 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3199  LacI family transcription regulator  31.69 
 
 		 338 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.13351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>