More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_03890 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 337 aa  673    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  68.15 
 
 		 337 aa  490  1e-137  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3075  transcriptional regulator, LacI family  67.87 
 
 		 338 aa  431  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.494184  normal  0.554684 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  59.7 
 
 		 338 aa  397  1e-109  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  47.32 
 
 		 340 aa  281  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  44.64 
 
 		 340 aa  275  7e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  45.99 
 
 		 348 aa  270  4e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 331 aa  269  5e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  46.13 
 
 		 344 aa  268  1e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 339 aa  266  4e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  42.73 
 
 		 351 aa  265  7e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7169  transcriptional repressor RbsR  46.56 
 
 		 331 aa  264  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0351473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.73 
 
 		 335 aa  265  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  47.02 
 
 		 335 aa  261  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5334  transcriptional regulator, LacI family  47.72 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.431046 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  45.03 
 
 		 338 aa  259  5.0000000000000005e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  44.71 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.43 
 
 		 348 aa  255  9e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  47.15 
 
 		 343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  44.74 
 
 		 473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  46.11 
 
 		 343 aa  250  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  44.28 
 
 		 343 aa  249  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  46.47 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  43.67 
 
 		 335 aa  246  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  43.86 
 
 		 339 aa  240  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  41.98 
 
 		 346 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4021  transcriptional regulator, LacI family  42.09 
 
 		 350 aa  239  5e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613602  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  46.25 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  44.12 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  40.29 
 
 		 350 aa  224  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  40.11 
 
 		 349 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  40.9 
 
 		 345 aa  223  4e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  40.18 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  38.84 
 
 		 351 aa  217  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13170  transcriptional regulator  42.09 
 
 		 359 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.362617  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08380  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.689367  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0403  transcriptional regulator, LacI family  39.05 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6684  transcriptional regulator, LacI family  42.12 
 
 		 338 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.594008 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2615  transcriptional regulator, LacI family  40.84 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14260  transcriptional regulator  38.07 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.419378  normal  0.681325 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0376  transcriptional regulator, LacI family  37.22 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  38.32 
 
 		 353 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 336 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1193  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  normal  0.122686 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.18 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20430  transcriptional regulator  37.87 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 368 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  33.83 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 339 aa  165  8e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  33.76 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  35 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.81 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.19022 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.72 
 
 		 338 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.53 
 
 		 337 aa  162  6e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 348 aa  162  9e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  34.81 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  34.89 
 
 		 374 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.53 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  32.26 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  36.18 
 
 		 331 aa  159  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.53 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.34 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 330 aa  155  9e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  35.01 
 
 		 339 aa  155  9e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.21 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2275  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.995394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 339 aa  152  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3343  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716413  normal  0.0750883 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 329 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  34.41 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.16 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  34.41 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  30.84 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  34.41 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  34.41 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  30.47 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 333 aa  149  7e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 342 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 342 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>