More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0508 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 347 aa  701    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07020  transcriptional regulator, LacI family  65.77 
 
 		 345 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0408  transcriptional regulator, LacI family  61.08 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1545  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  47.32 
 
 		 352 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0174364  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0228  LacI family transcription regulator  53.7 
 
 		 334 aa  308  8e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0385  transcriptional regulator, LacI family  52.58 
 
 		 334 aa  303  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03100  transcriptional regulator, LacI family  48.81 
 
 		 345 aa  302  7.000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0219145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1300  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  45.95 
 
 		 342 aa  298  8e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  45.65 
 
 		 381 aa  278  9e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0925  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  44.74 
 
 		 337 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.197996  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1520  transcriptional regulator, LacI family  46.57 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0201  transcriptional regulator, LacI family  44.67 
 
 		 342 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0642992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2486  ribose operon repressor RbsR  45.4 
 
 		 331 aa  266  5e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008295 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4321  transcriptional regulator, LacI family  44.87 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794794  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0892  transcriptional regulator, LacI family  44.48 
 
 		 348 aa  258  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.774645  normal  0.081922 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1087  transcriptional regulator, LacI family  44.12 
 
 		 350 aa  253  3e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.978331 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3167  transcriptional regulator, LacI family  46.89 
 
 		 357 aa  246  3e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0967324 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1802  transcriptional regulator, LacI family  43.32 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.328257 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  42.99 
 
 		 347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 341 aa  236  4e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1926  transcriptional regulator, LacI family  42.26 
 
 		 344 aa  235  8e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3529  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29360  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1871  transcriptional regulator, LacI family  41.84 
 
 		 333 aa  228  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29310  transcriptional regulator  40.12 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2877  transcriptional regulator, LacI family  40.88 
 
 		 372 aa  219  7e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0137169 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0775  Alanine racemase  41.37 
 
 		 341 aa  218  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.212824  hitchhiker  0.00169568 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2262  transcriptional regulator, LacI family  46.26 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.638644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 		 465 aa  216  5e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11680  transcriptional regulator  41.59 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1004  LacI family response repressor  39.47 
 
 		 351 aa  208  1e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0362  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1338  LacI family response repressor  37.46 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0014  transcriptional regulator, LacI family  39.74 
 
 		 344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.47 
 
 		 349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0159805 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2783  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 		 332 aa  199  7.999999999999999e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.990629  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1038  Alanine racemase  38.37 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.255953  normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02810  transcriptional regulator  37.42 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0056  transcriptional regulator, LacI family  39.62 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1740  RbsR family transcriptional regulator/ribose operon repressor  33.72 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.214508  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02800  transcriptional regulator  38.11 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.63 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  31.15 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.13 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  32.94 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 		 338 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  32.64 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.83 
 
 		 338 aa  168  2e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2584  Alanine racemase  39.44 
 
 		 376 aa  166  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.43 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 		 336 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  37.62 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1537  LacI family response repressor  33.92 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07780  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 333 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.09 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0055  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.700788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.97 
 
 		 386 aa  162  8.000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.13 
 
 		 328 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 334 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.83 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.94 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 337 aa  159  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  37.3 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  37.3 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  36.19 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  37.3 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  37.3 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  36.19 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.73 
 
 		 340 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.42 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  36.33 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 340 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  36.19 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.23 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1484  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 		 331 aa  156  6e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.96 
 
 		 353 aa  155  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.37 
 
 		 341 aa  155  7e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  35.81 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>